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저는 PETM 라이브러리를 사용하여 자체 프로그램에서 선형 방정식 시스템 전체에 걸쳐 분산 된 대형 문제를 해결하고 싶습니다. 또한이 목적을 위해 사용 가능한 GPU 리소스를 활용하고 싶습니다. 3D 계산 영역의 이산 표현을 위해 구조화 된 메쉬를 사용하고 있으므로 PETSc 분산 배열을 사용하여 프로세스 간 추가 데이터 전송을 피하는 것이 바람직합니다. ./configure --prefix=/usr/local/petsc --with-mpi=1 --with-cuda=1 --with-cusp=1 --with-cusp-include=/usr/local/cuda/include/cusp/ --with-cusp-lib=MPI + CUDA 및 PETSc 분산 배열을 사용하여 대형 방정식 시스템을 해결합니다.
을 다음 /usr/local/petsc 위치에 설치 :
나는 다음과 같은 문자열로 PETSc을 구성했습니다. 나는 그것을 실행하는거야 때 오류가 발생하는
#include <stdio.h>
#include <math.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
#include "cuda.h"
#include "mpi.h"
/* PETSc headers */
#include "petscsys.h"
#include "petscksp.h"
#include "petscdmda.h"
#include "petscksp.h"
int main(int argc, char *argv[])
{
MPI_Init(&argc, &argv);
PetscInitialize(&argc, &argv, NULL, NULL);
DM da;
Vec x, b; /* right hand side, exact solution */
Mat A; /* linear system matrix */
KSP ksp; /* linear solver context */
KSPType ksptype;
PC pc;
PCType pctype;
PetscErrorCode ierr;
PetscInt Nx = 100;
PetscInt Ny = 100;
PetscInt Nz = 100;
PetscInt NPx = 1;
PetscInt NPy = 1;
PetscInt NPz = 1;
ierr = DMDACreate3d(PETSC_COMM_WORLD, DM_BOUNDARY_NONE, DM_BOUNDARY_NONE, DM_BOUNDARY_NONE, DMDA_STENCIL_STAR,
Nx, Ny, Nz, NPx, NPy, NPz, 1, 1, NULL, NULL, NULL, &da); CHKERRQ(ierr);
ierr = DMSetMatType(da, MATMPIAIJ); CHKERRQ(ierr);
/* Create distributed matrix object according to DA */
ierr = DMCreateMatrix(da, &A); CHKERRQ(ierr);
/* Initialize all matrix entries to zero */
/*
ierr = MatZeroEntries(A); CHKERRQ(ierr);
*/
fprintf(stdout, "All was done.\n");
PetscFinalize();
MPI_Finalize();
return 0;
}
:하지만
는 지금은 간단한 테스트 프로그램에서 DMDA 객체를 생성하기 위해 노력하고있어이 문제가 될 수있는 것[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------
[0]PETSC ERROR: No support for this operation for this object type
[0]PETSC ERROR: DM can not create LocalToGlobalMapping
[0]PETSC ERROR: See http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html for trouble shooting.
[0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.7.4-1919-g73530f8 GIT Date: 2016-11-09 03:25:31 +0000
[0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/usr/local/petsc --with-mpi=1 --with-cuda=1 --with-cusp=1 --with-cusp-include=/usr/local/cuda/include/cusp/ --with-cusp-lib=
[0]PETSC ERROR: #1 DMGetLocalToGlobalMapping() line 986 in ~/petsc/src/dm/interface/dm.c
[0]PETSC ERROR: #2 DMCreateMatrix_DA_3d_MPIAIJ() line 1051 in ~/petsc/src/dm/impls/da/fdda.c
[0]PETSC ERROR: #3 DMCreateMatrix_DA() line 760 in ~/petsc/src/dm/impls/da/fdda.c
[0]PETSC ERROR: #4 DMCreateMatrix() line 1201 in ~/petsc/src/dm/interface/dm.c
[0]PETSC ERROR: #5 main() line 47 in petsc_test.c
[0]PETSC ERROR: No PETSc Option Table entries
[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to [email protected]
간단한 코드?
업데이트 : uname -a 명령의 결과 : Linux PC 4.4.0-47-generiC#68-Ubuntu SMP Wed Oct 26 19:39:52 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux.
MPI 사양의 열린 MPI 구현이 사용됩니다.