정의되지 않은 기호로 인한 Cython 빌드

Question

Cython으로 바꾸거나 변환하려고하는 C++ 프로그램이 있습니다. 그것은 어떤 이유로 든 가져 오기를 위해 작동하는 모듈을 만들지 않을 특별한 라이브러리를 사용합니다. 그런데 C++ 프로그램이 있습니다. 여기에 setup.py가 있습니다 :

ext_modules = [ 
Extension(
    name="libnmfpy", 
    sources=["interface/nmf_lib.pyx"], 
    include_dirs = ["../src/", numpy.get_include()], 
    libraries=["nmf","mpi_cxx","mpi","m"], 
    library_dirs=["../build/Linux/bin.release","/usr/local/lib/","/usr/lib"], 
    language="c++",) 
] 

setup(
name = 'libnmfpy', 
cmdclass = {'build_ext': build_ext}, 
ext_modules = ext_modules, 
) 

나는 그것이 문제를 일으키는 것으로 보이는 libnmf입니다. libnmf의 첫 번째 빌드는이 오류를 생성하는 스크립트를 일으킬 것입니다 : 내가 -fPIC으로 libnmf 다시 때

/usr/bin/ld: ../build/Linux/bin.release/libnmf.a(nmf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC 
../build/Linux/bin.release/libnmf.a: could not read symbols: Bad value 
collect2: error: ld returned 1 exit status 

이 설정은 libnmfpy.so 생성을,하지만 난 다른 스크립트에 있음을 가져올 때, 나는 전술을 얻을 것 정의되지 않은 심볼 :

nm libnmfpy.so | grep _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_ 
      U _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_ 

nm ../build/Linux/bin.release/libnmf.a | grep _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_ 
      U _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_ 

나는 오류의 원인을 추측 무엇 어떤 :

Traceback (most recent call last): 
File "test.py", line 1, in <module> 
    import libnmfpy 
ImportError: $path/cython/libnmfpy.so: undefined symbol: _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_ 

이 도움이 될 경우, 여기 내 검색 제안 뭔가입니다.

nm $another_path/lib/libelemental.a | grep _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_ 
0000000000005290 T _ZN4elem6lapack3SVDEiiPdiS1_ 

나는 아직 라이브러리와 링커 너무 익숙하지 않다, 그래서 어떤 도움을 주시면 감사하겠습니다 : 나는 내가 생각하기에 내장되어 libnmf 잘못된 라이브러리가 보면. 감사합니다

편집 : 약간 파고 나 뭔가를 깨닫게했다. Mac OS X과 Linux 사이에 차이점이 있습니까? 내가 일하는 사람들이 원래 이런 오류를보고하지 않았다.

Answer 1

글쎄, 나는 당신의 설정을 다시 만든 다음 소스가 없기 때문에 운동을하고 설정에 대한 해결책을 찾을 수 없다. 필자가 fpic을 사용하여 libnmf를 다시 컴파일 할 때 정적 링크가 사용되기 전에 동적 링크로 다시 컴파일되었다고 생각됩니다. 내 추측이 맞다면

, 다음 중 하나를 시도 할 수 있습니다 :

1. -fPIC, 그리고 -static 다시 libnmf 컴파일.
2. setup.py - "elemental"을 libraries 목록에 추가하면 링커가 해당 lib도 가져옵니다.

# 1 방법은 일반적으로 덜 바람직한 것으로 간주되지만, 원래는 어쨌든 그렇게 컴파일 된 것일 수 있습니다. 그러나 다른 라이브러리가 필요하다면 # 2를 찾아서 추가해야하기 때문에 # 2는 더 많은 작업을 수행 할 수 있습니다.

Answer 2

심볼을 분리하려면 nm -C을 사용해야합니다. 또한 일반적으로 좋은 생각이 아닌 정적 및 공유 라이브러리를 혼합하는 것처럼 보입니다. 또한 gcc의 링커는 라이브러리 플래그의 순서가 중요하다는 것을 의미하는 원 패스 링커입니다. 역방향 순서로 라이브러리를 나열하려고합니다. 즉, a가 b에 의존하면 b는 링커 플래그 앞에 a를 표시해야합니다.