euclidean 파이썬 xyz 좌표에서 거리

Question

나는 이와 같은 데이터 파일이 있습니다.

HETATM 1 H10 XSHQ 0  10.139 2.231 0.091 1.00 0.00   H 
HETATM 2 N1 XSHQ 0  9.641 1.386 -0.104 1.00 0.00   N 
HETATM 3 H9 XSHQ 0  9.773 1.133 -1.063 1.00 0.00   H 
HETATM 4 C1 XSHQ 0  8.245 1.531 0.230 1.00 0.00   H 

여기서 XYZ 좌표는 6,7,8 열이며, 포인트와 연관된 문자는 마지막 열에 있습니다. 마지막 열에 문자 H가있는 점 사이의 거리를 식별하고 싶습니다. 어떻게해야합니까? 이 코드는 작업을 수행하는 데 필요한 코드라는 것을 알고 있지만 마지막 열이 H 인 경우에만 6,7 및 8 열의 값을 사용하는 방법과 혼동 스럽습니다.

from scipy.spatial import distance  
dst = distance.euclidean(a,b) 

Answer 1

, @ 소음기의 대답은 이미 정확하고 OrderedDict 같은 데이터 구조의 사용은 좋은 생각,하지만 당신은 표준 사용하려는 경우 방법은, 당신은 시도 할 수 있습니다 :

는

from scipy.spatial import distance 

# Load data from file 
with open('datafile.txt') as datafile: 
    contents = [line.split() for line in datafile] 

# Extract the xyz coordiantes, if there is an H in the last column 
coords = [] 
for i, item in enumerate(contents): 
    if item[-1] == 'H': 
     coords.append([[float(x) for x in item[5:8]], i+1]) 

# Show results 
for i in range(len(coords)): 
    for j in range(i+1, len(coords)): 
     dist = distance.euclidean(coords[i][0], coords[j][0]) 
     print('({}, {}): {:.5f}'.format(coords[i][1], coords[j][1], dist)) 

Answer 2

정규 표현식을 사용하여 날짜를 추출한 다음 규칙에 따라 필터링합니다.

데모 코드는 다음과 같다 :

물론

Answer 3

생성기를 사용하는 간단한 솔루션은

From PEP 289 -- Generator Expressions
Rationale
Experience with list comprehensions has shown their widespread utility throughout Python. However, many of the use cases do not need to have a full list created in memory. Instead, they only need to iterate over the elements one at a time.

를 연산 식 617,451,515,

가능성이 큰 데이터가 itertools 표준 라이브러리 모듈에서

및 combinations을 설정해야

1. 당신이 중간 결과를 저장 할 필요가 없습니다, 당신이 계산하는 원하기 때문에 때문에 두 세트의 거리가 흥미로운 데이터 세트의 포인트입니다.

   $ cat euclid.py 
   from scipy.spatial.distance import euclidean 
   from itertools import combinations 
   
   lines = ['HETATM 1 H10 XSHQ 0 10.139 2.231 0.091 1.00 0.00 H', 
        'HETATM 2 N1 XSHQ 0 9.641 1.386 -0.104 1.00 0.00 N', 
        'HETATM 3 H9 XSHQ 0 9.773 1.133 -1.063 1.00 0.00 H', 
        'HETATM 4 C1 XSHQ 0 8.245 1.531 0.230 1.00 0.00 H'] 
   
   H_lines = (line for line in lines if line[-1]=='H') 
   H_lists = (line.split() for line in H_lines) 
   H_data = ((int(tok[1]), [float(x) for x in tok[5:8]]) for tok in H_lists) 
   H_dist = {(i[0], j[0]):euclidean(i[1], j[1]) 
         for i, j in combinations(H_data, 2)} 
   
   for m, n in H_dist: 
       print('Distance between points %d and %d is %.6f'%(
         m, n, H_dist[m, n])) 
   $ python3 euclid.py 
   Distance between points 1 and 3 is 1.634404 
   Distance between points 1 and 4 is 2.023995 
   Distance between points 3 and 4 is 2.040842 
   $