Allen Brain Observatory - get_stimulus_template이 static_gratings와 작동하지 않습니다.

Question

static_gratings 자극을 사용하여 실험 데이터를 분석합니다. SDK 설명서에 따르면 get_stimulus_template 함수는 쿼리 된 실험에서 사용 된 모든 자극을 인수로 사용할 수 있다고합니다. 실험에서 list_stimuli()를 호출하여 static_gratings가 사용 된 자극인지 확인했습니다.

은 내가이 역 추적/오류 ('static_gratings') get_stimulus_template를 실행하면이와

Traceback (most recent call last): 

    File "<ipython-input-46-be84d6ea7546>", line 1, in <module> 
    sg_scenes = expData.get_stimulus_template('static_gratings') 

    File "/Users/randallellis/anaconda/lib/python2.7/site-packages/allensdk/core/brain_observatory_nwb_data_set.py", line 373, in get_stimulus_template 
    image_stack = f['stimulus']['templates'][stim_name]['data'].value 

    File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2846) 

    File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2804) 

    File "/Users/randallellis/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/group.py", line 169, in __getitem__ 
    oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl) 

    File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2846) 

    File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2804) 

    File "h5py/h5o.pyx", line 190, in h5py.h5o.open (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/h5o.c:3740) 

KeyError: "Unable to open object (Object 'static_gratings_image_stack' doesn't exist)" 

어떤 도움에 감사드립니다.

Answer 1

그건 이상합니다. expData을 만드는 데 사용하는 나머지 코드를 제공 할 수 있습니까? NWB 파일에 문제가 있는지 확인할 수 있습니다. 파일에 이상이있는 경우 (예 : 다운로드가 완료되지 않은 경우)를 대비하여 NWB 파일을 삭제하고 다시 다운로드 해 볼 수도 있습니다.

업데이트 : 이전 응답을 무시하십시오. - 질문을 잘못 읽었습니다.

현재 문제는 정적 격자 및 표류 격자 자극에 대한 템플릿을 제공하지 않는다는 것입니다. 이러한 자극은 우리가 자극을 제시 할 때 정신적으로 절차 적으로 생성됩니다. 참조 :

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/24

을 우리는 현재 사람들이 스스로를 생성 할 수 있도록 AllenSDK에 그 방법을 통합에 노력하고 있습니다. 자연 영화, 자연 장면 및 로컬로 드문 드문 노이즈 템플릿은 모두 NWB 파일에서 사용할 수 있습니다.