G * t (모자) 오류 : 적합하지 않은 배열

Question

R에서 adonis를 사용하여 PERMANOVA를 수행하려고했습니다. 그러나 데이터 표와 요소에 추가하여 샘플 오류가 계속 발생합니다. G * t에서 오류가 발생했습니다. 모자) : 부적합한 배열

N/A 데이터가없고 준비된 데이터 매트릭스와 내 데이터 테이블의 하위 집합과 함께 작동합니다.

샘플 데이터가 작동하지 않습니다. G *에서의 t에

subset<-matrix(c(0,0.000666667,0.001333333,0.000333333,0.000333333,0.019833333,0.007666667,0.014666667,0.0005,0.022833333,0.016833333,0.018166667,0.000666667,0.009666667,0.008833333,0.009166667,0.001333333,0.018666667,0.0295,0.031833333),ncol=4) 

test_groups<-c(1,1,2,2) 
adonis(subset~test_groups) 

오류 (모자) 비 순응성 배열

작업 수행

테스트 데이터;

test<-matrix(data=c(0.1,0.1,0.3,0.1,0.2,0.3,0.1,0,0.3,0.1,0.2,0.3,0.1,0.2,0.3,0.1),ncol=4) 

왜 작동하지 않습니까? 나는 5 subset의 행 수를 설정하고 adonis 명령이 잘 작동 아래 subset의 행의 수는 5
을하는 동안

Answer 1

test_groups 벡터의 길이는 4입니다.

library(vegan) 
subset <- matrix(c(0,0.000666667,0.001333333,0.000333333,0.000333333,0.019833333,0.007666667,0.014666667,0.0005,0.022833333,0.016833333,0.018166667,0.000666667,0.009666667,0.008833333,0.009166667,0.001333333,0.018666667,0.0295,0.031833333),ncol=5) 
test_groups <- c(1,1,2,2)  
adonis(subset~test_groups) 

결과는 다음과 같습니다.

'nperm' >= set of all permutations: complete enumeration. 
Set of permutations < 'minperm'. Generating entire set. 

Call: 
adonis(formula = subset ~ test_groups) 

Permutation: free 
Number of permutations: 23 

Terms added sequentially (first to last) 

      Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model  R2 Pr(>F) 
test_groups 1 0.22804 0.22804 1.0592 0.34624 0.3333 
Residuals 2 0.43059 0.21530   0.65376  
Total  3 0.65864     1.00000