R에있는 p- 값이있는 두 데이터 프레임에 대한 cor.test 상관

Question

서로 다른 데이터 프레임이 두 개 있는데 R에 cor.test() 함수를 사용하는 경우 상관 관계를 수행해야합니다.

내 데이터 프레임이 동일한 수의 열을 보유하지만, 행들은 서로 다르다.

는 예를 들어, (reshape 패키지에서 melt() 함수를 사용하여) 녹여 내 데이터 프레임과 같이 다음

이들 데이터 프레임들 각각은 84 열을 가지며, 다양한 행 개수 :

head(df1) 


ID variable value 
ENSG60 AE02_ID 7.408430 
ENSG53 AE02_ID 0.000000 
ENSG94 AE02_ID 2.556464 
ENSG49 AE02_ID 0.032384 
ENSG9 AE02_ID 0.000000 

및 head(df2)는 :

ID variable value 
ENSG3 AE02_ID 0.000001 
ENSG1 AE02_ID 0.329180 
ENSG8 AE02_ID 0.000000 
ENSG10 AE02_ID 29.157761 
ENSG20 AE02_ID 0.633884 

나는 다음과 같은 R 스크립트를 사용 내가 스피어 계수를 반환 분석 :

result <- apply(mat1, 2, function(col_mat1){ 
    apply(mat2, 2, function(col2, col1) { 
    cor.test(col2, col1, method = "spearman")cbind($estimate,$p.value) # this returns the p-value of the cor.test 
    }, col1=col_mat1) 
}) 

이 오류 메시지를 반환 것 :

result <- apply(mat1, 2, function(col_mat1){ 
    apply(mat2, 2, function(col2, col1) { 
    cor.test(col2, col1, method = "spearman")$estimate # this returns the p-value of the cor.test 
    }, col1=col_mat1) 
}) 

을 때 나는대로 위의 함수에 p.value을 추가했습니다.

어떤 제안이나 도움은 좋은 것입니다. 고맙습니다. 이처럼 밖으로 원하는 뭔가

df1  df2  Coefficient  P.value 
    ENSG60 ENSG3 0.1828591281 0.00546547 
    ENSG53 ENSG1 0.021038182 0.021038182 
    ENSG94 ENSG8 -0.0683044433 0.000657 

Answer 1

당신은 재생 가능한 예제를 제공하지 않은,하지만 난 당신의 내면의 기능은 다음과 같이 약간 (예) 수정이 필요하다고 생각 :

function(col2, col1) { 
    cc <- cor.test(col2, col1, method = "spearman") 
    cbind(cc$estimate,cc$p.value) 
}