for-loop에서 ggplot을 사용한 플롯이 PDF로 컴파일되지 않음

Question

knitR (.Rnw)을 사용하여 보고서를 작성하여 PDF로 컴파일했습니다. 모든 단일 질문에 대해 동일한 그림을 그리기 위해 for 루프에 플롯을 만들었습니다. 불행히도 PDF 파일에 경고 메시지가 나타나고 오류의 원인을 정확히 알지 못합니다 ...

여기는 문제가 시작되는 곳의 청크입니다. 루프는 R 내에서 제대로 실행되지만 PDF로 컴파일되지 않습니다 아래의 전체 코드 참조). 나는 다양한 라벨, 인쇄 기능 및 기타 물건을 시도했지만 해결책을 찾지 못했습니다.

<<echo=FALSE, warning=T, message=F>>= 

for(i in 1:3){ 
    cat(paste("\\subsection{",titel[i],"}\n", sep="")) 
    cat(paste("Figure \\ref{class",i,"} \n", sep="")) 
    cat(paste("\\begin{figure}[H] \n", sep="")) 
    cat(paste("\\begin{center} \n", sep="")) 
    cat(paste("\\includegraphics[width=1\\textwidth,", 
      "height=.47\\textheight,keepaspectratio]{class",i,".pdf}\\caption{",titel[i],"}\n", sep="")) 

    cat(paste("\\label{class",i,"}" \n, sep="")) 
    cat(paste("\\end{center} \n",sep="")) 
    cat(paste("\\end{figure} \n",sep="")) 



    p <- ggplot(data[!is.na(data$F17),], aes_string(x=Fragen[i], y="..prop..", group = "1", fill="F17"))+ 
     geom_bar()+ 
     facet_grid(F17~.)+ 
     geom_text(aes(label = scales::percent(..prop..), 
       y= ..prop..), stat= "count", vjust = -.5, size=3) + 
     ylab("Prozent")+ 
     xlab(titel[i])+ 
     scale_fill_manual(name="Individuals", values=colorScheme)#+ 
     #theme_mine 


pdfnam<-paste("class",i,".pdf",sep="") #produce a plot for each class 
pdf(file=pdfnam,width=12, height = 4) 
#gridExtra::grid.arrange(p, q) 
print(p) 
dev.off() 
} 

@ 

여기 복제에 전체 코드입니다 :

\documentclass{article} 

\usepackage{amsmath,amssymb,amstext} 
\usepackage{graphicx} 
\usepackage{geometry} 
\geometry{top=15mm, left=25mm, right=25mm, bottom=25mm,headsep=10mm,footskip=10mm} 
\usepackage{xcolor} 
\usepackage{float} 
\usepackage[T1]{fontenc} % Umlaute 
\usepackage[utf8]{inputenc} 
\inputencoding{latin1} 

\begin{document} 
\parindent 0pt 

\title{title} 
\maketitle 

<<echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE>>= 
library(ggplot2) 
library(reshape) 
library(knitr) 
library(doBy) 
library(dplyr) 


opts_chunk$set(fig.path='figure/graphic-', fig.align='center', fig.show='hold',fig.pos='!ht', 
      echo=FALSE,warning = FALSE) 

@ 

<<echo=FALSE, warning=FALSE, message=F>>= 

# data and other useful stuff 

data <- data.frame(F1 = c("A", "A", "B", "C"), # answers to question 1, ... 
        F2 = c("A", "B", "B", "C"), 
        F3 = c("A", "B", "C", "C"), 
        F17 = c("K", "L", "L", "M")) # K, L and M are a certain individual. L answered twice. 

# colour scheme: 
GH="#0085CA"; H="#DA291C"; BV="#44697D" 
colorScheme <- c(BV, H, GH) 

# individual theme for plots: 
theme_mine = theme(plot.background = element_rect(fill = "white"), 
       panel.background = element_rect(fill = "white", colour = "grey50"), 
       text=element_text(size=10, family="Trebuchet MS")) 

# a vector with the variable names from "data" (F1, F2, F3). 
Fragen <- c(paste0('F',seq(1:3), sep="")) 

# question title for labeling the plots: 
titel <- c("Q1", "Q2", "Q3", "Q17") 

@ 


\begin{figure}[h] 
\begin{center} 
<<echo=FALSE, fig.width=9.6, fig.height=6, warning=FALSE>>= 

p <- ggplot(data, aes(x=F17))+ 
    geom_bar(fill = colorScheme)+ 
    xlab(titel[4])+ 
    #geom_text(aes(label = scales::percent(..prop..), 
    #   y= ..prop..), stat= "count", vjust = -.5, size=3) + 
    ylab("Absolut")+ 
    theme_bw() 
    #theme_mine # does not work properly yet. 
p 

@ 
\caption{figa} 
\label{figa} 
\end{center} 
\end{figure} 

\section{individual plots} 

<<echo=FALSE, warning=T, message=F>>= 

# here is where the problem starts: the loop runs fine within R but does not compile to an PDF. 

for(i in 1:3){ 
    cat(paste("\\subsection{",titel[i],"}\n", sep="")) 
    cat(paste("Figure \\ref{class",i,"} \n", sep="")) 
    cat(paste("\\begin{figure}[H] \n", sep="")) 
    cat(paste("\\begin{center} \n", sep="")) 
    cat(paste("\\includegraphics[width=1\\textwidth,", 
      "height=.47\\textheight,keepaspectratio]{class",i,".pdf}\\caption{",titel[i],"}\n", sep="")) 

    cat(paste("\\label{class",i,"}" \n, sep="")) 
    cat(paste("\\end{center} \n",sep="")) 
    cat(paste("\\end{figure} \n",sep="")) 



    p <- ggplot(data[!is.na(data$F17),], aes_string(x=Fragen[i], y="..prop..", group = "1", fill="F17"))+ 
     geom_bar()+ 
     facet_grid(F17~.)+ 
     geom_text(aes(label = scales::percent(..prop..), 
       y= ..prop..), stat= "count", vjust = -.5, size=3) + 
     ylab("Prozent")+ 
     xlab(titel[i])+ 
     scale_fill_manual(name="Individuals", values=colorScheme)#+ 
     #theme_mine 


pdfnam<-paste("class",i,".pdf",sep="") #produce a plot for each class 
pdf(file=pdfnam,width=12, height = 4) 
#gridExtra::grid.arrange(p, q) 
print(p) 
dev.off() 
} 

@ 


\end{document} 

미리 감사!

Answer 1

재현 가능한 스크립트를 사용하여 전달하려는 몇 가지 조언이 있습니다. 그것을 제공 주셔서 감사합니다, 그것은 많이 도움이됩니다.

보통 R 청크에 plot 또는 print(ggplot_object)이 있으면 knitr을 사용하여 그래프를 생성 할 수 있습니다. 귀하의 예에서는 플롯 객체를 생성하기 위해 begin{Figure}을 R 코드와 섞어보십시오. 당신은 그것을 사용할 필요가 없습니다. Knitr은 .Rnw 스크립트와 같은 폴더에있는 그림 경로 (기본값)를 가리키는 완전한 플롯 오브제를 만드는 도구를 제공합니다. 아래에 그 방법을 보여 드리고자합니다.

유일한 단점은 당신이 당신의 텍스 파일을 읽으려고하면 당신이 그 코드를 직접 (만든 것처럼, 그것은으로 잘 표현되지 것입니다 I은 ​​무슨 뜻인지 당신은 편집하여 텍스 파일, 모든 하나에있을 때 행하지만, 이것은 knitr에 대한 비판이 아니며 단지 매우 좋다.). 시도한 또 다른 선택은 그림을 한 폴더에 저장 한 다음 tex 명령으로로드하는 것입니다. 아래 예에서 스크립트를 사용하여 그림을 이런 식으로 포함시키는 방법을 보여줍니다. 그게 너에게 도움이되기를 바랍니다.

\documentclass{article} 

\usepackage{amsmath,amssymb,amstext} 
\usepackage{graphicx} 
\usepackage{geometry} 
\geometry{top=15mm, left=25mm, right=25mm, bottom=25mm,headsep=10mm,footskip=10mm} 
\usepackage{xcolor} 
\usepackage{float} 
\usepackage[T1]{fontenc} % Umlaute 
\usepackage[utf8]{inputenc} 
\inputencoding{latin1} 
\usepackage{hyperref} 
\begin{document} 
\parindent 0pt 

\title{title} 
\maketitle 

<<echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE>>= 
library(ggplot2) 
library(reshape) 
library(knitr) 
library(doBy) 
library(dplyr) 


opts_chunk$set(fig.path='figure/graphic-', fig.align='center', fig.show='hold',fig.pos='!ht', 
      echo=FALSE,warning = FALSE) 

@ 

<<echo=FALSE, warning=FALSE, message=F>>= 

# data and other useful stuff 

data <- data.frame(F1 = c("A", "A", "B", "C"), # answers to question 1, ... 
        F2 = c("A", "B", "B", "C"), 
        F3 = c("A", "B", "C", "C"), 
        F17 = c("K", "L", "L", "M")) # K, L and M are a certain individual. L answered twice. 

# colour scheme: 
GH="#0085CA"; H="#DA291C"; BV="#44697D" 
colorScheme <- c(BV, H, GH) 

# individual theme for plots: 
theme_mine = theme(plot.background = element_rect(fill = "white"), 
       panel.background = element_rect(fill = "white", colour = "grey50"), 
       text=element_text(size=10, family="Trebuchet MS")) 

# a vector with the variable names from "data" (F1, F2, F3). 
Fragen <- c(paste0('F',seq(1:3), sep="")) 

# question title for labeling the plots: 
titel <- c("Q1", "Q2", "Q3", "Q17") 

@ 

First chunk uses the knitr output to place the figures, if you use ggplot don't 
forget to print your plot : \textbf{print(p)} otherwise it won't work . All your 
arguments are passed through chunk options. So where you tried to have them in the text, 
they are simply placed as other options to your chunk (see below). I have used 
the following options to reproduce your example. 
\begin{itemize} 
\item fig.width=9.6 
\item fig.height=6 
\item fig.pos='h', 
\item fig.cap="figa" 
\item fig.lp="figa" 
\item fig.align='center' 
\end{itemize} 

<<echo=FALSE, fig.width=9.6, fig.height=6, warning=FALSE, fig.pos='h', fig.cap="figa",fig.lp="figa", fig.align='center'>>= 

p <- ggplot(data, aes(x=F17))+ 
    geom_bar(fill = colorScheme)+ 
    xlab(titel[4])+ 
    #geom_text(aes(label = scales::percent(..prop..), 
    #   y= ..prop..), stat= "count", vjust = -.5, size=3) + 
    ylab("Absolut")+ 
    theme_bw() 
    #theme_mine # does not work properly yet. 
print(p) 

@ 




\section{individual plots} 

For individual plots we will use your script to generate the figure environment. 
To produce latex you need to pass the option 'asis'. 

<<generate_latex,echo=FALSE, warning=T, message=F, results='asis'>>= 
for(i in 1:3){ 
    cat(paste("\\subsection{",titel[i],"}\n", sep="")) 
    cat(paste("Figure \\ref{class",i,"} \n", sep="")) 
    cat(paste("\\begin{figure}[H] \n", sep="")) 
    cat(paste("\\begin{center} \n", sep="")) 
    cat(paste("\\includegraphics[width=1\\textwidth,", 
      "height=.47\\textheight,keepaspectratio]{class",i,".pdf}\\caption{",titel[i],"}\n", sep="")) 
    cat(paste("\\label{class",i,"} \n", sep="")) 
    cat(paste("\\end{center} \n",sep="")) 
    cat(paste("\\end{figure} \n",sep="")) 
} 
@ 
Now we need to save those figures. By default in knitr figures are saved in the \textit{figure} 
subfolder and path is set to \textit{figure/myfigure} in the includegraphics 
command in the tex file. 

<<plot,echo=FALSE, warning=T, message=F, fig.keep='all',fig.show='hide', results='hide'>>= 
for(i in 1:3){ 
    p <- ggplot(data[!is.na(data$F17),], aes_string(x=Fragen[i], y="..prop..", group = "1", fill="F17"))+ 
     geom_bar()+ 
     facet_grid(F17~.)+ 
     geom_text(aes(label = scales::percent(..prop..), 
       y= ..prop..), stat= "count", vjust = -.5, size=3) + 
     ylab("Prozent")+ 
     xlab(titel[i])+ 
     scale_fill_manual(name="Individuals", values=colorScheme)#+ 
     #theme_mine 
    print(p) 
} 
@ 
Now the other way to do it, as in sweave is just to save the plot where you 
want, this is the old sweave way, which I tend to use, I gave some explanation 
on how to arrange folders 
\href{https://stackoverflow.com/questions/46920038/how-to-get-figure-floated-surrounded-by-text-etc-in-r-markdown/46962362#46962362}{example script} 
In sweave you save those files using pdf() or png() or 
whatever device and set the graphics path to those figures using 
\textit{\\graphicspath{{/figure}}} in the preamble. If you want to set your 
graphics path to another folder you can set path using command like 
\textit{\\graphicspath{{../../figure}}}. This will set your path to the 
grandparent folder. 

Here I'm creating a directory, if existing, the code will still proceed with no 
warnings : \textit{dir.create(imagedir, showWarnings = FALSE)}. 

<<plot_manual,echo=FALSE, warning=T, message=F,results='hide'>>= 
imagedir<-file.path(getwd(), "figure") 
dir.create(imagedir, showWarnings = FALSE) # use show warning = FALSE 
pdfnam<-paste0(imagedir,"/class4.pdf") #produce a plot for each class 
pdf(file=pdfnam,width=8, height = 4) 
for(i in 4){ 
    p <- ggplot(data[!is.na(data$F17),], aes_string(x=Fragen[i], y="..prop..", group = "1", fill="F17"))+ 
     geom_bar()+ 
     facet_grid(F17~.)+ 
     geom_text(aes(label = scales::percent(..prop..), 
       y= ..prop..), stat= "count", vjust = -.5, size=3) + 
     ggtitle("manually saved plot")+ 
     ylab("Prozent")+ 
     xlab(titel[i])+ 
     scale_fill_manual(name="Individuals", values=colorScheme) 
    print(p) 
} 
dev.off() 
@ 
\subsection{section 4} 
This is Figure \ref{class4} 
\begin{figure}[H] 
\begin{center} 
    \includegraphics[width=1\textwidth,height=.47\textheight,keepaspectratio]{figure/class4.pdf} 
    \caption{Manually edited caption for figure 4} 
    \label{class4} 
    \end{center} 
\end{figure} 

\end{document}