카운트 매트릭스에서 인접 매트릭스를 얻는 방법

Question

나는 음수가 아닌 값과 y_1, ..., y_p라는 이름의 컬럼 만 갖는 nxp 매우 희박한 카운트 매트릭스를 가지고 있습니다. (n = 2 million and p = 70)

R을 사용하여 y_i와 y_j가 같은 행에 0이 아닌 값을 갖는 횟수를 계산하는 행렬로 변환하려고합니다.

예 :

ID a b c d e 
1 1 0 1 0 0 
2 0 1 1 0 0 
3 0 0 1 1 0 
4 1 1 0 0 0 

내가 가져올 :

가

- a b c d e 
a 2 1 1 0 0 
b 1 2 1 0 0 
c 1 1 3 1 0 
d 0 0 1 1 0 
e 0 0 0 0 0 

Answer 1

이 간단한 매트릭스 곱셈이다.

m = read.table(text = "ID a b c d e 
1 1 0 1 0 0 
2 0 1 1 0 0 
3 0 0 1 1 0 
4 1 1 0 0 0", header = T) 
m = as.matrix(m[, -1]) 

이 단지 1과 0 인 원래의 행렬에 의존한다 :

t(m) %*% m 
    a b c d e 
a 2 1 1 0 0 
b 1 2 1 0 0 
c 1 1 3 1 0 
d 0 0 1 1 0 
e 0 0 0 0 0 

이 데이터를 사용. 그렇지 않은 경우, 당신은 m = original_matrix > 0 여기

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가 당신 같은 행렬에 일하고있어 그것을 만들 수 있습니다 설명 : 내 노트북에

library(Matrix) 
nr = 2e6 
nc = 70 
mm = Matrix(0, nrow = nr, ncol = nc, sparse = T) 

# make, on average, three 1s per row 
set.seed(47) 
mm[cbind(sample(nr, size = 3 * nr, replace = T), sample(nc, size = 3 * nr, replace = T))] = 1 

system.time({res = t(mm) %*% mm}) 
    # user system elapsed 
    # 0.836 0.057 0.895 
format(object.size(res), units = "Mb") 
[1] "0.1 Mb 

는 계산이 초 미만 소요되며 결과는 약 0.1 Mb.