iGraph, R - 사이 키 가입 이분 단체 서브 입사 행렬

Question

두 data.frames df1과 함께 df2부터 출발 (전체 접속 행렬을 계산하지 않고), I는 다음

같은 data.frame 끝낼

# df3 
#  V ID1 X  ID2 
# 1  V1 1  X2 12 
# 2  V2 2  X1 11 
# 3  V2 2  X2 12 
# 4  V3 3  X2 12 
# 5  V2 2  X3 13 
# 6  V4 4  X3 13 
# 7  V5 5  X4 14 
# 8  V6 6  X4 14 
# 9  V7 7  X5 15 
# 10 V8 8  X5 15 
# 11 V9 9  X5 15 
# 12 V8 8  X6 16 
# 13 V10 10  X6 16 

여기에서 열 V 및 X은 2 부분 그래프의 두 그룹을 식별하고 가장자리를 표시합니다. (나는 두 개의 열 ID1과 ID2을 다음에 추가합니다.) 이것으로부터 중간 단계로 이분 그래프 (BG)를 얻고 모든 클러스터 (최대 독립적 인 꼭지점)의 발생 행렬을 얻을 필요가 있습니다.

BG를 얻기 위해, 내가

df4 <- subset(df3, select=c("ID1","ID2")) 
bg <- make_bipartite_graph(c(rep(0,nrow(df1)),rep(1,now(df2))), c(t(df4))) 

먼저 질문을 사용하는 것, 다른 스마트 ID-열을 사용하지 않고 내 data.frame에서 이분 그래프를 얻을 수있는 방법이지만 직접 V 및 X이있다?

그렇다면 클러스터의 경우 clusters 기능을 사용 하겠지만 발생률 매트릭스의 하위 집합을 얻는 방법은 알지 못합니다 (전체를 너무 크게 만들지 않고). 아이디어가 있습니까? 내가 가진 경우

Answer 1

나는 당신이 바로,하지만 어쩌면 당신이

library(igraph) 
df <- df3[, c(1, 3)] 
g <- graph_from_data_frame(df) 
V(g)$type <- substr(V(g)$name, 1, 1)=="V" 
plot(as.undirected(g), layout=layout.bipartite(g)[, 2:1]) 

gs <- decompose(g) 
lapply(gs, as_incidence_matrix) 
# [[1]] 
# V1 V2 V3 V4 
# X2 1 1 1 0 
# X1 0 1 0 0 
# X3 0 1 0 1 
# 
# [[2]] 
# V5 V6 
# X4 1 1 
# 
# [[3]] 
# V7 V8 V9 V10 
# X5 1 1 1 0 
# X6 0 1 0 1