probeid 및 위치 플롯

x 축에 프로브 ID와 위치, y 축에 p- 값을 가져야하는 등의 플롯이 필요합니다. 나는 당신이 원하는 것을 제대로 이해하고probeid 및 위치 플롯

ProbeId  Position P-values 
382062871 39487 0.001 
363644817 61749 0.001 
363644421 62233 0.001 
23567225 77477 0.385320006 
23567242 77893 0.005 
44733243 85746 0.49538903 
31565337 88022 0.001 
342504476 88873 0.447279715 
34250450 89299 0.005 
34250450 89300 0.02 
15730557 89601 0.001 
157305176 89482 0.001 
37405140 89895 0.001 
3843741143 90199 0.001 
24558746 120285 0.001 
106768141 121095 0.001 
156111167 121830 0.001 
343446115 125693 0.001 
34344634 125852 0.001 
350444118 126921 0.001

출처

2014-04-16 user3459293

분산 형 플롯? 'plot (dat $ ProbeId, dat [[ "P-values"]])'- X 축에 두 개의 변수를 가짐으로써 당신이 의미하는 바를 명확하게 구분하지 못한다. 차트 위와 아래의 다른 눈금 (다른 눈금의 함수 - 선형의 경우) 또는 서로 겹쳐진 두 개의 플롯 (이 경우 서로 다른 순서로 시각화 문제가 발생할 수 있음) –

, 당신은 probeID와 프로브를 당신의 x 축으로 프로브의 "수"와 y 축으로 p- 값을 사용하여 라벨을 할 수 있습니다 : (이제 데이터 "데이터")

plot(1:20,data[,"P-values"],xaxt="none",las=1,xlab="Probe ID",ylab="p-value") 
axis(1,at=1:20,labels=data[,"ProbeID"])

이름을하자 또는 실제 프로브 위치를 플롯 (하지만이 때문에 프로브 사이의 공간에 정말 "재미"음모에 끝낼 수 있습니다 ...) 또한 함께 프로브 레이블 프로브 ID :

plot(data[,"Position"],data[,"P-values"],xaxt="none",las=1,xlab="Probe ID",ylab="p-value") 
axis(1,at=data[,"Position"],labels=data[,"ProbeID"])

프로브 ID가 매우 크기 때문에 레이블을 회전하려면 축 대신 기능 텍스트를 사용해야합니다.

출처

2014-10-15 09:52:01 Cath

답변

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