TDD (RUnit)로 생체 컨덕터 패키지를 개발중인 R

Question

BioConductor RUnit guidelines을 따르려고합니다. 나는 그래서 최소한의 설정을 따랐다 내가 가진 :

Suggests: RUnit, BiocGenerics 설명에 myPackage에/테스트에서

BiocGenerics:::testPackage("MyPackage")/runTests.R

및 MyPackage/inst/unitTests/

에서 일부 test_XXX.R 파일 I의 경우 하나의 테스트 파일을 다음과 같이 실행하십시오 :

library(RUnit) 
source("LIBRARY FILES") 
source("MyPackage/inst/unitTests/test_getKeywordValue.R") 
test_getKeywordValue() 

테스트 실행 나는 무엇을 놓치고

...

* checking tests ... 
    Running ‘runTests.R’ 
OK 

을하지만 MyPackage/inst/unitTests 디렉토리에 내 테스트를 실행하지 않습니다) 실패 할 때 실패,하지만 난

R CMD check MyPackage 

을 실행하면 명령은 말?

Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0 
R version 2.15.2 (2012-10-26) 

Answer 1

문제가 해결되었습니다. 나는 .Rinstignore이 줄에 파일을 퍼트

나는 내 패키지 : 여기

는 이야기이다

test/* 

나는 RShowDoc("R-exts")로 대신 글로브 스타일의 매칭 (.gitignore처럼) 기대 되었으나 말 :

.Rinstignore는 perl 스타일의 정규식 일치를 수행합니다. 그래서, 내 규칙 test/*과 같이 R에 의해 해석 된

:

Ignore all files starting with test followed by 0 or more '/' 

grep와 빠른 검사 방법이 보여

(부분은/*이 일치하는 0 개 이상의/문자로 해석했다) 작업 :

grep("test/*", "inst/unitTests/test_bar.R",perl=TRUE) 
[1] 1 

선을 제거

test/* 

.Rinstignore에서 문제가 해결되었습니다.

Answer 2

나는이에 BioC 지침을 모르지만 내가 먼저 일부 Rmetrics 패키지 마틴 Maechler에 의해 개발 된 기법을 사용 CRAN 패키지의 번호를 가지고있다.

이 내용은 R Wiki post에 설명되어 있으며 RcppArmadillo 또는 RcppGSL 또는 다른 패키지에서 이와 유사하게 볼 수 있습니다. 키는 흔히 소스 또는 설치된 패키지에서 실행하기 위해 필요한 피벗을 수행하는 tests/doRUnit.R 파일입니다.