나는 1000 개의 genomes pilot 1에서 MAF와 LD로 프록시 SNP를 이미 얻었습니다. 모든 사람들이 MAF matching에 대해 언급 할 때 알고 싶습니다. 정확하게 일치해야합니까?부 대칭 빈도 매칭?
예를 들어 관심 대상 SNP가 MAF 0.35이고 프록시 SNP가 MAF 0.37 인 경우 좋은 프록시로 사용할 수 있습니까? 주어진 두 LD> 0.8
MAF가 0.35 인 프록시를 반드시 선택해야합니까?
R-sq로 측정 한 LD는 MAF에 따라 달라지며, 즉 높은 R-squared를 의미합니다. MAF는 유사합니다. 참조 :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18572214
그래서, 매우 높은 R-제곱 일반적으로는 SNP를 사이 MAF 비슷한 의미합니다.
또한 프록시 SNP는 대개 LD 측정에만 의존합니다. 언급했듯이 MAF는 계산에 "통합"되어 있으므로 일치가 필요하지 않습니다. 동일한 LD를 가진 프록시가 여러 개있는 경우 가장 유사한 MAF가있는 프록시를 선택하십시오.
감사합니다! MAF가 아닌 LD 점수를 사용하여 SNP와 일치하는 결과를 얻었으므로 문제가 해결되었지만 나를 도와 주셔서 대단히 감사합니다! – dizue
당신의 질문이 http://biology.stackexchange.com/에서 더 나을 것이라고 생각합니다. – ProgrammersBlock