R EnvironmentError : 경로에서 Ghostscript를 찾을 수 없습니다. RWebLogo

Question

나는 어떤 식 으로든 고칠 수없는 이상한 문제에 부 닥쳤다. 나는 여기서 누군가가 잘못된 것을 더 잘 이해할 수 있기를 바랐다.

RWebLogo 패키지를 사용할 수 없습니다. 동일한 Ghostscript 오류가 누락되어 가장 간단한 예제도 실행합니다.

예컨대 실행 :/수 있도록 터미널에 설치 한 다음 프로필을 비난하는 PATH를 추가하고 실행/구성과 9.15 버전

Traceback (most recent call last): 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module> 
    weblogolib._cli.main() 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main 
    formatter(data, format, opts.fout) 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter 
    gs = GhostscriptAPI()  
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__ 
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path." 
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path 

내가 설치 한 고스트 :

library(RWebLogo) 
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA') 
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf') 

이 오류가 발생합니다. 터미널에서 gs를 실행하면 시스템 경로로 설정되어 있는지 확인하지만 여전히 동일한 오류가 발생합니다. 재부팅 후에도.

내가 직접 R의 환경에 GS를 추가하는 시도 : 또한 도움이되지

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs") 

가 ... 정확히 같은 오류를 제공합니다. R 환경을 검색하면 g가 있음을 알 수 있습니다.

중요 버전 정보 :

가

MAC: OS Yosemite 10.10.1; 
R version 3.1.1 (2014-07-10); 
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3 

당신이 원인이 문제를 가질 수있는 문제를 알고 계십니까? 프로그래밍에 익숙하지 않아 뭔가 기본적인 것이 빠져 있을까 걱정됩니다. 나는 어떤 충고에 대해서 감사 할 것입니다. 고맙습니다!

Answer 1

나는 RWebLogo의 저자 인 Omar와 연락을했고, 내 문제를 정확하게 지적하고 문제를 해결하는 데 정말로 도움이되었습니다.

첫째, 그가 터미널에 테스트 시퀀스에 RWebLogo를 실행하는 것이 좋습니다 : /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs 이 .txt -o ~/데스크탑/out.pdf -F의 PDF (모든 이전 extdata/weblogo ...) 스크립트의 위의 명령 아래 R에서 당신을 제공 무엇이든 할 수 변경 기본 디렉토리

:

system.file(package = 'RWebLogo') 

나는 그것을 달렸고 새로운 오류가 발생했다 : numpy의 부족. 실제로 numpy가 설치되었지만 모든 사용자 권한이 없습니다. numpy를 재설치 한 후 RWebLogo가 터미널에서 성공적으로 실행되었습니다.

그래도 RStudio에서 GhostScript 오류가 발생했습니다. Omar는 요세미티에서 실행중인 이전 버전의 RStudio에 문제가 있으며 (현재 10.10.1을 가지고 있음) 문제가 해결 된 업데이트 된 RStudio 버전에 대한 링크를 보냈다고 제안했습니다.

http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

나는 업데이트 RStudio있어 모든 것이 지금이 좋은 작품. 희망이 비슷한 문제를 가진 사람을 도와주세요!