hdf5 디자이너가 .hdf5 파일을 여는 것과 관련된 손상 문제를 해결 했습니까?

.hdf5 파일을 입력 (시뮬레이션에 의해 생성)으로 사용하는 코드를 실행하고 나서이를 분석하고 페도라 21 리눅스의 Konsole 셸에서 명령어 라인 (python3 Collector.py)을 실행하여 통계 및 플롯을 생성합니다. 작업 디렉토리에 gizmo과 utilities이라는 두 개의 다른 폴더에 많은 .py 루틴이 있습니다. snapshot_index.hdf5 파일은 내 컴퓨터의 작업 디렉토리에있는 output이라는 로컬 디렉토리에 시뮬레이션을 실행하는 다른 컴퓨터에서 별도로 (globus 소프트웨어를 사용하여) 전송됩니다. (0에서 600까지 실행되는 "index"에 해당하는 많은 파일이 있지만, 예를 들어 snapshot_396.hdf5 및 snapshot_600.hdf5와 같은 두 개의 색인 만 필요합니다. 시뮬레이션은 저해상도와 고해상도의 두 가지 모드로 실행됩니다.hdf5 디자이너가 .hdf5 파일을 여는 것과 관련된 손상 문제를 해결 했습니까?

kilo-bite 크기의 저해상도 .hdf5 파일이 part 표현의 입력 (위의 주요 파이썬 코드 내부) 인 경우 코드를 실행하고 결과를 생성 할 수 있지만 메가 바이트를 넣을 때 내가 오류의 의미를 이해하고 있지 않다

# in utilities.simulation.Snapshot(): 
    read snapshot_times.txt 
    reading snapshot index = 600, redshift = 0.000 


# in gizmo.gizmo_io.Read(): 
    reading header from: ./output/snapshot_600.hdf5 

Traceback (most recent call last): 
    File "Collector.py", line 12, in <module> 
    part=gizmo.io.Read.read_snapshots('all', 'index', 600, element_indices=None) 
    File "/home/username/Desktop/Projects/PaperMaterials/DM_Dominated_Objects/NewFolder2/covering_fractions/Simulations/gizmo/gizmo_io.py", line 314, in read_snapshots 
    'index', snapshot_index, simulation_directory, snapshot_directory, simulation_name) 
    File "/home/username/Desktop/Projects/PaperMaterials/DM_Dominated_Objects/NewFolder2/covering_fractions/Simulations/gizmo/gizmo_io.py", line 513, in read_header 
    file_in = h5py.File(file_name, 'r') # open hdf5 snapshot file 
    File "/usr/lib/python3.4/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 222, in __init__ 
    fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl) 
    File "/usr/lib/python3.4/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 79, in make_fid 
    fid = h5f.open(name, h5f.ACC_RDONLY, fapl=fapl) 
    File "h5f.pyx", line 71, in h5py.h5f.open (h5py/h5f.c:1809) 
OSError: Unable to open file (Truncated file: eof = 933756928, sblock->base_addr = 0, stored_eoa = 1765865624)

: 크기 높은 해상도 .hdf5 파일은 part 표현의 입력으로, 나는 다음과 같은 오류 메시지가 표시됩니다. 그러나 주제에 대한 검색을 수행 할 때,이 경우에는 파일을 열 수없는 이유가 다른 경우를 제외하고는 .hdf5 개의 파일 (Corrupt files when creating HDF5 files without closing them (h5py))에 관한 새로운 문제가 아닌 것으로 나타났습니다. 내가 이해하는 바에 따르면 (정확히 맞는지 확실하지 않음) 파일이 너무 커서 잘리지 않습니다. 이 경우, 그 해결책은 무엇입니까? 그리고 내가 틀렸다면 그 쟁점은 무엇입니까? 도움을 주시면 대단히 감사하겠습니다.

출처

2016-10-21 Allan

입력 파일이 손상된 것 같습니다. 입력 파일에 h5dump, h5stat 또는 h5ls 명령 줄 유틸리티를 실행하면 어떻게됩니까?

귀하의 문제는 HDF5의 설계자 또는 귀하가 링크 한 다른 질문 (HDF5 파일을 작성하는 동안 충돌 한 프로그램)과 관련이 있다고 생각하지 않습니다. 대부분의 경우 작성 프로그램에 버그가 있습니다. 다른 유효한 HDF5 프로그램이 파일에서 작동하는지 확인하여이를 확인할 수 있습니다.

파일 크기가 1GB 미만인 것으로 보입니다. HDF5의 파일 크기는 그다지 크지 않습니다.

출처

2016-10-22 05:46:00

파일에 적용된 세 가지 코드는 모두 "오류 : 파일을 열 수 없습니다."snapshot_index.hdf5 ""그렇습니다. 파일이 손상되었습니다. 방금 전국 실험실 슈퍼 컴퓨터에서 옮겼습니다. 그래서 그들이 추락했다면 나는 의심했다. – Allan

hdf5 디자이너가 .hdf5 파일을 여는 것과 관련된 손상 문제를 해결 했습니까?

답변

관련 문제