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압축 파일 (예 : FASTA bz2)에서 읽을 수 있습니까? 보통 skbio.sequence.Sequence.read을 사용하지만이 옵션이 표시되지 않습니다.skbio를 사용하여 압축 FASTA bz2 파일에서 읽기
감사합니다.
A
답변
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이 다음과 같이 할 수 있습니다 : 나는 scikit 바이오 0.5.0를 사용하고 있지만,이뿐만 아니라 이전 버전 가능해야한다
import skbio
seq = skbio.io.read("seqs.fna.bz2", format='fasta', compression='bz2', into=skbio.DNA)
. 압축 유형을 명시 적으로 정의하는 동안 일반적으로 필요하지 않습니다.
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주목해야 할 몇 가지 사항 : 1) 위 예제는 절차 적 API를 사용합니다. 등가 적으로 객체 지향 API를 사용하여이를 수행 할 수 있습니다 (예 : 'skbio.Sequence.read ("seqs.fna.bz2")'. 2) scikit-bio는 사용 된 파일 확장자에 관계없이 압축 유형 및 파일 형식을 추측합니다. – jairideout
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파일에서 둘 이상의 항목을 사용하려면 어떻게해야합니까? –
SeqIO.parse (예 : bz2.BZ2File (fna_bz2, "r")로 in_f : SeqIO.parse (in_f, "fasta")의 skbio를 찾고 있습니다 :) 감사합니다! –