pROC 기본 DeLong 또는 부트 스트랩

Question

DeLong 메서드 또는 2000 부트 스트랩이 기본 ROC 커브 메서드로 사용되는지 여부에 대한 조언을 주시면 감사하겠습니다. 나는 pROC pdf 가이드를 밟았으며 어느 것이 기본 방법인지 확신 할 수 없다. pdf의 다른 부분, 특히 AUC 계산의 신뢰 구간에 관한 섹션의 DeLong 또는 2000 부트 스트랩이 기본값입니다.

#generate ROC and Confidence intervals for this bootstrap/dose bin 
roc2<-roc(SYNdata_b$Endpoint1,SYNdata_b[,i+2]) 
roc2_CI<-ci(roc2) 

#Generate Youden and Closest to Left 
rocY<-coords(roc2,"b",best.method="youden") 
roctl<-coords(roc2,"b",best.method="closest.topleft") 

여기에 어떤 조언 주셔서 대단히 감사합니다

내가 사용하고 코드는 다음이 포함되어 있습니다.

Answer 1

AUC의 신뢰 구간을 계산하므로 ci.auc 함수를 사용하고 있습니다. 문서 페이지 상태 :

기본 부트 스트랩이 사용되는 부분 AUC 평활화 곡선의 비교를 제외한 "드롱"방법을 사용하는 것이다.

부분 AUC 사양이나 스무딩 옵션을 지정하지 않았으므로 DeLong 방법이 사용됩니다.

또한, 여기에 예를 들어, 사용되는 방법을 보여줍니다 콘솔에 출력에 드롱 볼 수 있습니다 :

> data(aSAH) 
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b) 
> ci(rocobj) 
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong) 

을 의심스러운 경우와 당신에게 방법 문제 경우, 그것을 메소드를 명시 적으로 지정하는 것이 가장 좋습니다.

> data(aSAH) 
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b) 
> ci(rocobj, method = "delong") 
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong) 
> ci(rocobj, method = "bootstrap", boot.n = 10000) 
95% CI: 0.6296-0.8283 (10000 stratified bootstrap replicates)