Complexheatmap 패키지에서 색상 분리를 만드는 방법

Question

complexheatmap 패키지를 사용하여 히트 맵을 작성하려고합니다. 줄거리 전체에서 검은 색 만 볼 수 있다는 것을 제외하면 모든 것이 작동합니다. 나는 적절한 색상 휴식 트릭을 할해야한다고 생각하지만, 나는이

#load required libraries 
library(extrafont) 
#font_import() # only one time required when first time use the  library  extrafont 
#y 
fonts() 
loadfonts() 
library(ComplexHeatmap) 
library(circlize) 

    #upload expression data 
    #heatdata<- read.table("probe.expression",header=TRUE,row.names=1) 
    dim(heatdata) 
    head(heatdata) 

#scale row 
rm <- rowMeans(heatdata) 
sx <- apply(heatdata, 1, sd) 
zz <- sweep(heatdata,1,rm) 
zz <- sweep(zz, 1, sx, "/") 
zzz <- t(scale(t(heatdata))) 


Heatmap(zzz, 
name = "Color key", # legend title 
rect_gp = gpar(col = "black"), # cell border 
column_title = "Tissue", 
column_title_side = "top", 
row_title = "Genes", 
row_title_side = "left", 
clustering_distance_rows = "pearson", #"euclidean", "maximum", "man- 
            #hattan", "canberra", "binary", "minkowski", #"pearson",        #"spearman", "kendall"         
row_dend_side = "left", #should the row cluster be put on the left or right of the heatmap? 
#row_name_side = "right", #should the row cluster be put on the left or right of the heatmap? 
show_row_names = FALSE, 
column_dend_height = unit(3,"cm"), 
show_column_dend = FALSE, 
show_column_names= FALSE, 
#bottom_annotation = ha, 
#bottom_annotation_height = unit(1, "cm"), 
col = colorRamp2(c(-2, 0,10),c("green","black", "red")) 

) 

및

max(zzz) 

준 -1.96339 동안

min(zzz) 

준을 :(해결하는 방법을 모른다 9.238137 내 마지막 그림은 다음과 같습니다.

테스트 데이터 내가 제거해야한다고 생각 HERE

Answer 1

을 발견 할 수있다 "rect_gp = gpar (COL ="블랙 ")"나는 당신이 색상이 될 것 매트릭스에서 많은 행이 추측하기 때문에 테두리 색상이 설정된 경우 주로 셀 테두리로 덮여 있습니다.