RcppGSL을 사용한 매트릭스의 빠른 하위 집합

Question

this post을보고 나서 Rcpp으로 행렬을 부분 집합하려고했습니다. RcppArmadillo와

:

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]] 
#include "RcppArmadillo.h" 
// [[Rcpp::export]] 
arma::mat submatrix(const arma::mat& m1in, int fromin, int toin){ 
    arma::mat s1 = m1in.cols(fromin-1,toin-1); 
    return(s1); 
} 

다음 submatrix(M, 1, 900) 조금 더 빠른 M[,1:900]보다. RcppGSL와

:

> microbenchmark(M[,1:900], submatrix(M, 0, 0, 1000, 900)) 
Unit: milliseconds 
          expr  min  lq  mean median  uq  max neval 
        M[, 1:900] 8.035749 10.20265 13.25657 11.75554 14.27586 117.2533 100 
submatrix(M, 0, 0, 1000, 900) 16.597605 19.55858 23.04454 21.52959 23.98431 141.6158 100 

RcppGSL와 행렬을 하위 집합으로 더 빠른 방법이 있나요 :

여기 submatrix(M, 0, 0, 1000, 900)

#include <RcppGSL.h> 
#include <gsl/gsl_matrix.h> 
// [[Rcpp::export]] 
gsl_matrix_const_view submatrix(const RcppGSL::Matrix & X, int k1, int k2, int n1, int n2) { 
    return gsl_matrix_const_submatrix(X, k1, k2, n1, n2); 
} 

이 M[,1:900]보다 느리다?

Answer 1

이유는 매트릭스가 참조로 전달되지 않았기 때문입니다 (R 매트릭스와 GSL 매트릭스가 호환되지 않기 때문일 수 있습니다).

내 지점을 증명하기 위해,이 테스트 : 나는 올바른 해요 경우

// [[Rcpp::depends(RcppGSL)]] 
#include <RcppGSL.h> 
#include <gsl/gsl_matrix.h> 

// [[Rcpp::export]] 
gsl_matrix_const_view submatrix(RcppGSL::Matrix & X, int k1, int k2, int n1, int n2) { 
    X(0, 0) = 1; 
    return gsl_matrix_const_submatrix(X, k1, k2, n1, n2); 
} 

/*** R 
M <- matrix(0, 1000, 1000) 
test <- submatrix(M, 0, 0, 1000, 900) 
M[1, 1] 
*/ 

, 당신은 매번 당신이 RcppGSL를 사용하는 것과 동일한 문제가됩니다. 어쩌면 & (나는 GSL을 모른다) 대신에 사용할 행렬 (Eigen과 같은)의 맵보기가 존재할 수도 있습니다.