리디렉션 API Stderr python

Question

일부 유전자 ID 매핑을 수행하려면 Python 패키지 https://pypi.python.org/pypi/mygene 을 사용하고 있습니다. 나는 아래의 코드를 가지고 :

#! /usr/bin/env python 

# ID mapping using mygene 
# https://pypi.python.org/pypi/mygene 
# http://nbviewer.ipython.org/gist/newgene/6771106 
# http://mygene-py.readthedocs.org/en/latest/ 
# 08/30/14 

__author__ = 'tommy' 

import mygene 
import fileinput 
import sys 


mg = mygene.MyGeneInfo() 

# mapping gene symbols to Entrez gene ids and Ensemble gene ids. 
# fileinput will loop through all the lines in the input specified as file names given in command-line arguments, 
# or the standard input if no arguments are provided. 

# build a list from an input file with one gene name in each line 
def get_gene_symbols(): 
    gene_symbols = [] 
    for line in fileinput.input(): 
     gene_symbol = line.strip() # assume each line contains only one gene symbol 
     gene_symbols.append(gene_symbol) 
    fileinput.close() 
    return gene_symbols 


Entrez_ids = mg.querymany(get_gene_symbols(), scopes='symbol', fields='entrezgene', species='human', as_dataframe=True) 


# set as_dataframe to True will return a pandas dataframe object 

Entrez_ids.to_csv(sys.stdout, sep="\t") # write the dataframe to stdout 

# sys.stdout.write() expects the character buffer object 

Entrez_ids.to_csv("Entrez_ids.txt", sep="\t") # write the pandas dataframe to csv 

내 질문은 내가 Entrez_ids.to_csv ("Entrez_ids.txt"9 월 = "\의 t")를 사용하는 경우 '완료 같은 결과 파일은 표준 오류가 포함되지 것입니다 .. .)하지만 Entrez_ids.to_csv (sys.stdout, sep = "\ t")는 stderr 메시지와 데이터 프레임을 모두 인쇄합니다.

Entrez_ids.to_csv (sys.stdout, sep = "\ t")를 사용하는 경우 어떻게 stderr를 리디렉션 할 수 있습니까? 감사합니다.

Answer 1

이 당신을 도울 수 있습니다

In python, can I redirect the output of print function to stderr?

import sys 
sys.stderr = to_your_file_object 

당신은 출력을 억제하는 devnull를 사용할 수 있습니다

import os 
f = open(os.devnull,"w") 
sys.stderr = f