R 및 HDF5 문제

Question

R에 hdf5를로드하고 일부 문제가 발생하는 중입니다.

HDF5 1.8.3는

hdf5_1.6.9.tar.gz에서 MacPorts를 통해 설치 X 10.6

• R 2.10.0 (64) 맥 OS에 : 여기가 내 환경을 구성하는 데 걸린 단계입니다 CRAN

내 버전의 HDF5와 R 모듈이 예상하는 비 호환성 문제가 의심 스럽습니다. -와 - HDF5

R CMD는 = 'CPPFLAGS = -I/옵션/지역/포함'--configure 인자들 = '--configure - 바르를 설치 완성도를 위해 여기에 내가 R 모듈을 설치하는 방법입니다 =/opt/local 'hdf5_1.6.9.tar.gz

괜찮습니다. 내가 파일을로드 할 때 라이브러리는 문제없이로드 할 것 같다,하지만 데이터가 반환되지 않습니다 :

라이브러리 (HDF5)

hdf5load ("test.h5")를

NULL

그러나,

OSX : 데이터 스캇 $의 h5dump의 test.h5 HDF5 "test.h5"{ GROUP "/"{ DATASET "DSET"{ 데이터 유형 H5T_STD_I32LE DATASPACE의 SIMPLE {(31)/(31)} DATA { (0) : 1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128 (14) : 16384, 32768, 65536, 131072, 262144, 524288, 1048576, 2097152, (22) : 4194304, 8388608, 16777216, 33554432, 67108864, 134218828 , (28) : 268435456, 536870912, 1073741824 } } } }

어떤 생각이? 사전에

감사합니다.

Answer 1

hdfload()에 verbosity 인수를 사용하고 ls()을 사용하여 환경을 확인하십시오. hdfload()에는 부작용이 있으며 현재 환경에 테이블을로드합니다. NULL이 기본 반환 값입니다.

• load : 논리 값에는 인수 load=TRUE 개체를 명명 된 목록의 구성 요소로 반환됩니다를 사용하는 경우. 'FALSE'인 경우 개체는 명명 된 목록의 구성 요소로 반환됩니다. 'TRUE'(기본값) 인 경우 개체는 각각 이름을 가진 개별 변수로로드됩니다.이 경우이 함수는 아무 것도 반환하지 않습니다.

내 Mac에서는 모든 설정이 동일합니다.

R> rm(list=ls()) 
R> ls() 
character(0) 
R> hdf5load("TestHDF5.h5", verbosity=3) 
hdf5_global_verbosity=3 load=1 
Processing object: Dataset0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544326 
Dataset has tid 201326902 
Dataset has space id 268435467 
Dataset has rank 1 
Dataset has dims/maxdims: 1/1 
Allocating vector with rank=1 dim=1 
calling vector_io. Hangs here with big datsets 
Setting buffer size in plist 
About to read with bufsize = 50 
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25 
leaving string_ref 
Done read 
in vector_io: permuting 
in vector_io: tidying 
Phew. Done it. calling iinfo->add 
Rank > 1 or not VECSXP 
Calling hdf5_load_attributes 
back from hdf5_load_attributes 
...Finished dataset 
Processing object: Table0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544327 
Dataset has tid 201326906 
Dataset has space id 268435468 
Dataset has rank 1 
Dataset has dims/maxdims: 1/1 
Dataset has type = VECSXP and rank 1 
Reading... 
....done 
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25 
leaving string_ref 
...Finished dataset 
NULL 
R> ls() 
[1] "Dataset0" "Table0" 

Answer 2

CRAN에서 h5r 패키지를 사용해 볼 수도 있습니다. 이 패키지는 새로운 hdf5 라이브러리를 사용하며 hdf5 라이브러리보다 많은 기능을 제공합니다.