shinyServer에서 ggplot 피드로 함수를 사용하여 데이터 만들기

Question

유전 협회 연구의 유형에 대한 예상 전력을 계산하는 Shiny 앱이 있습니다. ui.R은 매우 간단하며 server.R에는 데이터 프레임을 제공하는 함수가 있습니다 (일부 매개 변수가 있기 때문에 reactive으로이 함수를 사용할 수 없다고 생각합니다).

요점과의 링크는 here입니다. 이 앱은 제대로 추정치를 계산

library(shiny) 
shiny:: runGist('5895082') 

,하지만 나는 그것을 관한 두 가지 질문이 있습니다 : 그것을 실행하려면

• 하기는 output$powTable 실제로 범위 내에 포함 된 모든 값을 나타내는 것이 가능하다, 처음에는 sliderInput(n.cases)?에 있습니다. 범위의 두 극단적 인 값을 나타내는 것만 같습니다 ... 내가 뭘 잘못하고있는 걸까요?

  Error: Reading objects from shinyoutput object not allowed.

가 어떻게이 ggplot을 공급하는 기능 f()에서 데이터 (? 반응성)을 전달할 수 있습니다

응용 프로그램을 실행하는 오류가있다? 많은 시행 착오 끝에 나는 매우 잃어버린다. 내 코드의 오류는 어디에 있습니까? 많은 thaks 사전에!

함수의 원래 코드가 잘 작동 : (EDITED) 모든

f <- function(ncases, p0, OR.cas.ctrl, Nh, sig.level) { 
num.cases <- ncases 
p0 <- p0 
Nh <- Nh 
OR.cas.ctrl <- OR.cas.ctrl 
sig.level <- sig.level 
# Parameters related to sig.level, from [Table 2] of Samuels et al. 
# For 90% power and alpha = .05, Nscaled = 8.5 
    if (sig.level == 0.05){ 
A <- -28 # Parameter A for alpha=.05 
x0 <- 2.6 # Parameter x0 for alpha=.05 
d <- 2.4 # Parameter d for alpha=.05 
    } 
    if (sig.level == 0.01){ 
A <- -13 # Parameter A for alpha=.01 
x0 <- 5 # Parameter x0 for alpha=.01 
d <- 2.5 # Parameter d for alpha=.01 
    } 
    if (sig.level == 0.001){ 
A <- -7 # Parameter A for alpha=.001 
x0 <- 7.4 # Parameter x0 for alpha=.001 
d <- 2.8 # Parameter d for alpha=.001 
    } 
    out.pow <- NULL # initialize vector 
for(ncases in ncases){ 
    OR.ctrl.cas <- 1/OR.cas.ctrl # 1. CALCULATE P1 FROM A PREDEFINED P0, AND A DESIRED OR 
    OR <- OR.ctrl.cas 
    bracket.pw <- p0/(OR - OR*p0) # obtained after isolating p1 in OR equation [3]. 
    p1 <- bracket.pw/(1 + bracket.pw) 
    Nh037 <- Nh^0.37 # 2. CALCULATE NSCALED 
    num.n <- num.cases*((p1-p0)^2) 
    den.n <- (p1*(1-p1) + p0*(1-p0))*Nh037 
    Nscaled <- num.n/den.n 
    num.power <- A - 100 # 3. CALCULATE POWER 
    den.power <- 1 + exp((Nscaled - x0)/d) 
    power <- 100 + (num.power/den.power) # The power I have to detect a given OR with my  data, at a given alpha 
    } 
OR <- OR.cas.ctrl 
out.pow <- data.frame(num.cases, Nh, Nscaled, p0, OR, sig.level, power) 
out.pow 
} 

mydata <- f(ncases=seq(50,1000, by=50), 0.4, 2.25, 11, 0.05) 
mydata 

library(ggplot2) 
print(ggplot(data = mydata, aes(num.cases, power)) + 
theme_bw() + 
theme(text=element_text(family="Helvetica", size=12)) + 
labs(title = "Ad-hoc power for haplogroup") + 
    scale_color_brewer(palette = "Dark2", guide = guide_legend(reverse=TRUE)) + 
xlab("number of cases/controls") + 
ylab("power") + 
scale_x_log10() + 
geom_line(alpha=0.8, size=0.2) + 
geom_point(aes(shape = factor(OR)), colour="black")) 

Answer 1

먼저라는 이름의 n.cases 가지고 일관성 나는 생각한다. 경우에 따라 n.cases이고 다른 경우는 ncases입니다. 그게 실수 야?

어쨌든 output$mydata()이 잘못되었습니다. 출력이 아닙니다. 그냥해야한다 : 다음

mydata <- reactive(f(input$n.cases, 
    input$p0, 
    input$OR.cas.ctrl, 
    input$Nh, 
    input$sig.level)) 

그리고 output$powHap()에서 그것을 실행할 때 그것이 있어야 :

data = mydata() 

보다는 :

output$powHap <- renderPlot(
{ 
    print(ggplot(data = mydata(), aes(ncases, power)) + 
    theme_bw() + 
    theme(text=element_text(family="Helvetica", size=12)) + 
    labs(title = "Ad-hoc power for haplogroup") + 
    scale_color_brewer(palette = "Dark2", guide = guide_legend(reverse=TRUE)) + 
    xlab("number of cases/controls") + 
    ylab("power") + 
    scale_x_log10() + 
    geom_line(alpha=0.8, size=0.2) + 
    geom_point(aes(shape = factor(OR)), colour="black")) 
}) 

중요한 부분은 당신이 할 필요가있다

data = output$mydata 

output$mydata은 (리 액티브) 기능이기 때문에.

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나는 the documentation on how reactives work을 읽을 것을 제안합니다. 나중에 모든 것이 더 의미가 있어야합니다. 그런데 아주 재현 할 수있는 예제는 +1. 이것이 모든 질문을 게시하는 방법입니다.