페어 티드 t.test는 NA에 대한 결과가 없습니다

Question

페어링 된 t 테스트를 사용하여 3 번의 실험 결과를 비교하고 있습니다. 일부 값이 누락 된 경우 그러나, 나는 어떤 결과를 얻는 없다하고 (있습니다 NA)

데이터 :

G1/2/3는 독립적 인 측정 아니지만, 테스트 한 다른 유전자를 표현하는 것으로

dat <- read.table(text='sample G1 G2 G3 
S1 0.002458717 0.01045769 0.003770503 
S2 0.010009784 0.02465088 0.011505804 
S3 NA   NA   0.006403423 
S1 0.003458717 0.01145769 0.004770503 
S2 0.011009784 0.02565088 0.012505804 
S3 NA   NA   0.007403423 
S1 0.001458717 0.00945769 0.002770503 
S2 0.009009784 0.02365088 0.010505804 
S3 NA   NA   0.0054034232', header=TRUE) 

. 그것들은 관련이 없으며 각 G는 자신의 것이기 때문에 필요합니다.

t.test :

sig<-lapply(dat[-1], function(x) 
    pairwise.t.test(x, dat$sample, 
        p.adjust.method = "BH")) 



> sig 
    $G1 

     Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 

    data: x and dat$sample 

     S1 S2 
    S2 - - 
    S3 - - 

    P value adjustment method: BH 

    $G2 

     Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 

    data: x and dat$sample 

     S1 S2 
    S2 - - 
    S3 - - 

    P value adjustment method: BH 

    $G3 

     Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 

    data: x and dat$sample 

     S1  S2  
    S2 0.00024 -  
    S3 0.01803 0.00117 

P value adjustment method: BH 

G1/2 S1/S3와 2 사이의 비교가없는 이유 값이 누락으로 I는 이해한다. 그러나 S1과 S2를 비교 한 결과가없는 이유는 무엇입니까?

감사합니다.

Answer 1

pairwise.t.test의 경우 응답 및 그룹화 벡터가 필요합니다. 그래서 문제는 데이터 형식에 있으며 NA이 아닙니다. 그에 따라 dat의 데이터를 변환하면됩니다 (자세한 내용은 ?pairwise.t.test 참조). NA의 자동 (기본값)을 생략한다

# Convert wide to long dataframe, then select values 
val <- stack(dat, select = -sample)$values; 

# Sample labels (the grouping vector) 
grp <- rep(dat$sample, 3); 


pairwise.t.test(val, grp, p.adjust.method = "BH"); 
#  
#  Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 
#  
#data: val and grp 
# 
# S1  S2 
#S2 0.0031 - 
#S3 0.8160 0.0319 

참고

여기서베이스 R stack 함수를 사용하여 하나의 방법이다.