0
나는 유전자 발현 값을 얻을 수 RNAseq에서 fastq 원시 파일을 다운로드 할 수 있습니다. 그러나 GEO는 .bed.gz 및 .wig.gz 형식 만 제공합니다. RPKM 값을 얻으려면 어떻게해야합니까? 고마워요!어떻게 침대 파일이나 가발 파일에서 RPKM 값을 얻으려면? 그리고이 두 유형의 파일의 차이점은 무엇입니까?
A
답변
0
RPKM을 계산하려면 BAM/SAM 또는 CRAM 파일에 포함 된대로 원시 읽음 이 필요합니다 (매핑 됨). 흔들기, 침대와 같은 bigWiggle 그들의 유도체, 즉 그들은 계수 필요한 판독 정보를 잊어 버렸을 따라서 산출 RPKM (그 방식이나 FPKM은/TPM) 만 (주로 플로팅 사용) 범위를 포함하는 이들의 압축 된 버전이다.
표준 접근법은 bam 파일에서 시작하여 관심 영역에 대한 읽기 수를 추출하고 RPKM 등을 계산하는 것입니다. this과 같은 많은 파이프 라인이 있습니다. 빵 파일을 사용할 수없는 경우
는, GEO는 일반적으로 적어도 매핑의 기초로 (fastq로 변환 할 수 있습니다 또는 SRA 파일) 원시 fastq 파일이 빵 파일을 얻을 수 있습니다. 또한 ArrayExpress를 살펴보십시오. GEO를 미러링하고 있기 때문에 해당 프로젝트의 원시 파일을 가질 수 있습니다. 차등 발현 분석을 수행하려는 경우
어쩌면 경고의 단어로, 당신은 원시 카운트가 아닌 RPKM 값에서 이동해야합니다.