PCA 또는 MDS for groups in R

Question

특정 열과 행 그룹이있는 데이터 매트릭스가 있습니다. 여기

Promoters Exons Introns Intergenic UTR5 UTR3 EncodeDnase TFBS CpGislands CpGshores CpGshelf Enhancer Valley umrs canyons genebodies enhancer34 groups 
44905 34778 49182  32420 21190 6537  75693 61543  54879  13759  3666 103839 544 8 9148  63403  7366 none 
78256 63745 91197  57814 34416 13868  148583 130801  105784  28060  6529 189413 1714 5 18539  116294  8381 RTK 
143570 98141 138767  71540 67754 16907  229364 217258  173782  40134  7885 269992 2284 26 29641  176748  17150 IDH 
45056 37201 58839  38119 21086 8157  86207 70401  55729  18749  4970 120537 960 14 10717  72760  5439 none 
107204 75309 107776  65783 48986 12059  179100 163906  138259  30409  5969 220463 1951 30 23413  136981  13742 CEBPA 
106545 75721 109299  67453 47773 13183  180403 163493  134882  32027  6524 224426 1933 25 23011  138924  13242 CEBPA 

내가 어떻게 발기인 예를 들어보기 위해 몇 가지 PCA을 할 필요가

.. 골 이름은 "발기인", "엑손"입니다 ... 그리고 그룹은 "none", "RTK"등 없습니다 많은 그룹들 사이에서 배포됩니다. 나는 ggfortify 및 다른 R 패키지를 사용하려고했지만 명확한 그림을 얻을 수 없었다. 어떤 도움이라도 대단히 감사합니다.

autoplot(prcomp(df[,1:17], scale=TRUE), color='groups') 

그룹은 색이없는도 내가 어떤 메시지를받을 수 있나요 :

> autoplot(prcomp(df[,1:17], scale=TRUE)$rotation[,1], color='groups') 

Error: Objects of type numeric not supported by autoplot. 

사용의 경우 :

이

는 오류가 내가 얻을 수있다.

마르코 Sandri 솔루션 :

library(ggfortify) 
autoplot(prcomp(df[,1:17], scale=TRUE), loadings = TRUE, loadings.label = TRUE, 
     data = df, colour = 'groups') 

Answer 1

옵션은 다음과 prcomp 개체에 대한 autoplot에서 사용할 수 있습니다

는

library(ggfortify) 
autoplot(prcomp(df[,1:17], scale=TRUE), loadings = TRUE, loadings.label = TRUE, 
     data = df, colour = 'groups')