히트 맵을 사용하는 히트 맵 R

스피어 만 상관 관계를 기반으로 히트 맵을 만들고 스피어 만 상관 관계 값에 해당하는 dendrogramm을 생성하려고합니다. 내 입력 파일은 다음과 같이 구성되어 있습니다 :히트 맵을 사용하는 히트 맵 R

> data[1:6,1:6] 
     group EG PN  C0  C10  C10.1 
    1 Patients 24 729 352.66598 43.80707 75.16226 
    2 Patients 24 729 195.48486 17.15763 33.60365 
    3 Patients 24 729 106.85937 15.13400 34.47340 
    4 Patients 27 1060 76.70645 14.98315 22.09885 
    5 Patients 27 1060 354.07169 50.61995 98.36765 
    6 Patients 27 1060 331.84956 92.00343 125.46658 
> data[150:160,1:6] 
     group EG PN  C0  C10  C10.1 
150 Controls 27 1011 99.94756 9.018773 20.207498 
151 Controls 30 616 300.20203 25.667548 37.363280 
152 Controls 30 616 190.38030 18.811198 46.417332 
153 Controls 26 930 79.44666 7.801935 4.569444 
154 Controls 24 724 381.74026 39.842241 42.144842 
155 Controls 24 724 191.39962 19.008729 31.064398

내가 만든 간단한 상관 관계 플롯 수 있어요하지만 난 두 단백질 독특한 히트 맵을 만들 싶습니다 주제는 스피어 만 상관 관계에 기초에 Dendrogram이. 아무도하는 법을 알고 있습니까? 미리 감사드립니다.

출처

2017-10-26 Dr.PhilCol

다음 코드는 Spearman의 순위 상관 관계를 사용하여 행과 열을 클러스터링하는 대화 형 히트 맵을 표시합니다 (이 경우 mtcars 데이터 세트의 경우).

heatmaply(mtcars, 
    distfun = function(x) as.dist(1 - cor(t(x), method="spearman")))

출처

2017-10-26 15:35:24 aocall

고맙습니다.하지만이 방법으로 저는 히트 맵에서 매우 이상한 결과를 얻습니다. 일반적으로 0에서 10000까지 -1에서 1까지의 값이 있습니다. 왜 그런 일이 발생합니까? –

@ Dr.PhilCol 우리는 문제가 무엇인지 그리고 문제를 해결하는 방법을 알기 위해 재현 가능한 코드 예제를 필요로합니다. aocall에서 예제를 가져 와서 시나리오에 맞게 조정하여 문제를 재현 할 수 있는지 확인하십시오. –

단순히 상관 관계 히트 맵을 그려보고 싶은 것처럼 들립니다. 이 경우 명령은'heatmaply_cor (cor (mtcars, method = "spearman"))'입니다. 탈 (Tal)이 제안했듯이, 구체적인 예를 들어 당신이 원하는 것을 명확히하는 데 도움이 될 것입니다. – aocall

답변

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