PYMOL과 함께 "안정한"결합 생성하기

Question

원래의 펩티드 서열 (pdb 파일)부터 시작하여 두 잔기 사이의 락탐 다리 (펩타이드 결합)를 만들고 싶습니다. 나는이 유대를 형성하기 위해 PYMOL의 "결합"과 "융합"의 두 가지 기능을 사용했다. "Bond"는 잘 작동하지만 파일을 다시 열면 본드가 더 이상 존재하지 않습니다. "퓨즈"는 보증금을 전혀 표시하지 않습니다.

선택 잔류 파이 몰> 채권 PK1, PK2 또는 파이 몰> 퓨즈 PK1, PK2

어떤 제안이?

Answer 1

Pymol은 자동으로 데이터를 pdb 파일로 다시 저장하지 않습니다. Pymol이 수행하는 모든 상태를 저장하는 간단한 방법은 .pse 파일을 작성하는 것입니다. Pymol에 나타날 임의 채권이있는 pdb 파일을 만들려면 CONECT 레코드를 추가하면됩니다. 이렇게하려면 텍스트 편집기로 pdb 파일을 열고 레코드를 직접 추가하면됩니다.