Linux 명령 줄에서 단일 입력으로 더 많은 입력을 지정하는 방법은 무엇입니까?

Question

온라인으로 검색했지만 내 질문에 대답 할 수있는 것을 찾지 못했습니다.

저는 우분투 리눅스에서 자바 도구를 사용하여 bash 명령으로 호출하고 있습니다.

java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam \ 
FASTQ=6484_snippet_1.fastq \ #first read file of pair 
FASTQ2=6484_snippet_2.fastq \ #second read file of pair 
[...] 

내가 뭘하고 싶은 것은, 하나의 FASTQ의 경로를 지정하는 두 개의 서로 다른 파일의 경로를 지정하는 대신, 예를 들어 있습니다 :이 도구는 두 개의 서로 다른 입력 파일에 대한 두 가지 경로가 있습니다.

그래서 그 대신 cat file1 file2 > File을 갖는 FASTQ의 입력으로 File을 사용하여, 나는이 작업이 즉시 실행되는 것을 원하는 파일 시스템에 저장하지 않고, 즉석에서 File을 생성 (즉, 어떻게 될지 명령이 cat file1 file2 > File 인 경우).

나는 내 질문에 대한 설명을 분명히하기를 바랍니다. 다만 저에게 물어보십시오. 나는 더 잘 설명하려고 노력할 것입니다.

Answer 1

파일 이름 인수를 허용하는 잘 작성된 쉘 명령은 일반적으로 파일 이름 인수 목록을 허용합니다. 등 cat file 또는 cat file1 file2

이를 지원하지 않는 사용하려고하는, 쉽게 고정 할 수없는 프로그램이 아마도 당신의 OS 또는 쉘 의사 파일로 사용할 수 /dev/stdin 만드는 경우처럼.

cat file1 file2 | java -mumble -crash -burn FASTQ=/dev/stdin 

일부 쉘은 (일반적으로) 공정 대체 표준 출력에 생산 무엇이든 들어있는 하나의 파일처럼 호출 프로그램에 보면 공정 대체를 보유하고 있습니다.

java -mumble -crash -burn FASTQ=<(cat file1 file2) FASTQ2=<(cat file3 file4) 

하면 이러한 작업, 임시 파일을 사용하고 삭제를 당신이 일을 끝낼 때 믿을만한 솔루션입니다 간단한 쉘 스크립트의도.

#!/bin/sh 
: ${4?Need four file name arguments, will process them pairwise} 
t=$(mktemp -d -t fastqtwoness.XXXXXXX) || exit 
trap 'rm -rf $t' EXIT HUP INT TERM # remove in case of failure or when done 
cat "$1" "$2" >$t/1.fastq 
cat "$3" "$4" >$t/2.fastq 
exec java -mumble -crash -burn FASTQ=$t/1.fastq FASTQ2=$t/2.fastq