2013-05-23 10 views
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7000x7000 행렬의 거리 행렬 (현재는 유클리드, 가능하면 Mahalanobis)을 계산해야하는 몇 가지 분석을하고 있습니다. 행렬의 윗부분도 가져온다.)R 2.15.2 Windows에서 bigmemory 라이브러리를 설치할 수 없습니다.

z <- as.matrix(dist(training.data[1:7000,], diag=TRUE, upper=TRUE)) 

내가 겪고있는 문제는 계속해서 "벡터를 할당 할 수 없습니다 ..."라는 경고입니다. R이 작업을 수행하기 위해 충분한 연속 메모리를 PC에 할당 할 수 없다는 것을 충분히 알았습니다. 내 PC에는 3GB의 RAM이 있으며 gc()를 사용하여 객체를 rm()하려고해도 memory.limit (size = ####)를 통해 R에 메모리 할당을 늘리면 작동하지 않습니다.

나는 bigmemory 라이브러리에 대해 읽은 것을 좋아합니다. 그러나 설치를 시도 할 때 R 2.15.2에서 사용할 수 없다는 경고가 나타납니다. 내가 여기서 뭔가를 놓치고 있니? 이 문제를 해결할 방법이 있습니까? 큰 데이터를 관리하기위한 다른 R 도구에 대해 읽었지만 큰 메모리처럼 내 작업에는 아크로 포스가 보이지 않습니다.

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어떤 OS 를 사용하여? http://cran.r-project.org/web/packages/bigmemory/index.html에서는 Windows 바이너리를 사용할 수 없다고 지적하고 소스에서 컴파일 할 것을 제안합니다. 개발 도구 (Google "Rtools")가 설치되어 있다면'install.packages ("bigmemory", type = "source")'가 작동해야합니다 ... –

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사과드립니다. 내 게시글에 Windows XP SP3을 입력했다고 생각했습니다. 죄송합니다. 나는 bigmemory 문서에서 그걸 보았습니다. 나는 단지 그렇게 할 필요가 없었다. 나는 집에서 리눅스를 사용하기 때문에이 문제에 결코 빠지지 않았다. 나는 직장에서 내일 노력할 것이다. 감사. – Jeremy

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좋아요, 그래서 RTools 용 최신 .exe를 다운로드하려고했습니다. 불행히도 내 랩톱은 기본적으로 IT 부서에 의해 잠겨 있기 때문에 내 R \ bin 디렉터리를 포함하도록 경로를 편집 할 수 없습니다. 그럼에도 불구하고, 나는 bigmemory 용 tarball을 다운로드하고'RCMD --build bigmemory_4.4.3.tar.gz'을 시도했다. UNIX 전용 패키지라는 오류가 있습니다. 이견있는 사람? RCMD는 Rtools 없이도 작동합니까? – Jeremy

답변

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이전에 Windows에서 bigmemory로 작업 해 왔고 사용 가능한 유일한 R 버전 인 2.15.3 (install.packages에 대한 표준 호출로 쉽게 설치해야 함)처럼 보입니다. R 3.0.x로 업그레이드 한 후 창에 대한 대 메모리 지원이 "일시적으로 중지되었습니다"(http://cran.r-project.org/web/packages/bigmemory/NEWS 참조) 것 같습니다. 나는 또한 R 2.15.2 또는 이전 버전에서도 작동 할 수 없었습니다. 나는 항상 당신이 언급 한 것과 같은 오류를 만났다.

내 솔루션은 R 2.15.3 및 최신 버전의 R을 모두 Windows 컴퓨터에 설치 한 것입니다. bigmemory 용으로 R 2.15.3을 사용하고 사용하지 않을 때는 R 3.1.0으로 다시 전환합니다. 그것은 고통,하지만 bigmemory는이 작품 나를 위해

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:) 가치가있다 : 당신은 또한 Windows에서 library(Rdsm)를 설치할 수 있습니다

install.packages(c("BH","biglm")) 
library(devtools) 
devtools::install_github('kaneplusplus/bigmemory') 
library(bigmemory) 

PS가

devtools::install_github('tomwenseleers/Rdsm') 
library(Rdsm)