R - 채식주의 자 포장. metaMDS 오류

Question

내가 알고 싶습니다

이유 metaMDS을 실행이 오류가 메신저 :

'통신'부정적인 데이터가 'autotransform', 'noshare'와 FALSE

에 'wascores'세트를 나는 NMDS와 dendogram 그래프를하고 싶지만 위의 오류로 그렇게 할 수있다.

누구든지 DATASET을 확인하려는 경우 내 데이터 세트를 다운로드 할 수 있습니다. 데이터를 가져온 후 열과 행을 바꿨습니다. 그 후에, metaMDS를 실행하기 전에 NA 값을 O로 바꿨습니다. metaMDS 당신이 부정적인 데이터 항목이 있음을 알려줍니다, 그것은 기본값은 음이 아닌 데이터를 함께 할 수있는 몇 가지 트릭을하지 않습니다 :

abundance <- read.table("1_abundance.txt", header = TRUE)   
    abundance[is.na(abundance)] <- 0 
    abundance_trans <- t(abundance) 
    metaMDS(abundance_trans, distance = "bray", k = 2, trymax = 50) 

Answer 1

1. 이 오류 메시지가 있지만 정보가 없습니다.
2. 두 번째 문제는 음수가 아닌 데이터에만 적용 할 수있는 Bray-Curtis 비평가를 요구한다는 것입니다.

두 가지 대안이 있습니다. 음수 값을 처리하거나 처리 할 수없는 비대성 척도를 사용하십시오. 네가 부정적인 데이터가 없다고 생각한다면, 당신은 틀렸다는 것을 알 수있다 : 컴퓨터는 알고있다. 데이터를 읽을 때 오류가있을 수 있으며, 가져서는 안되는 열이나 행이있을 수 있습니다. 데이터를 확인하십시오.