SIMPROF를 기반으로하는 착색/기호 점을 사용하여 nmds를 플로팅하는 방법

Question

안녕하세요, R의 bray-curtis 불균형 행렬에있는 어셈블 데이터의 nmds를 플롯하려고합니다. ordielipse()를 적용 할 수있었습니다. 도 ordihull() 및

data(dune) 
Dune.dis <- vegdist(Dune, method = "bray) 
Dune.mds <- metaMDS(Dune, distance = "bray", k=2) 

#hierarchical cluster 
clua <- hclust(Dune.dis, "average") 
plot(clua, hang = -1) 
# set groupings 
rect.hclust(clua, 4) 
grp <- cutree(clua, 4) 

#plot mds 
plot(Dune.mds, display = "sites", type = "text", cex = 1.5) 

#show groupings 
ordielipse(Dune.mds, group = grp, border =1, col ="red", lwd = 3) 

또는 막으로 포인트 색상 채식 패키지 사구 데이터를 이용하여 hclst의 cutree 의해 만들어진 그룹 인자()

예에 기초하여 상기 색 변경 커 트리 (cutree)

colvec <- c("red2", "cyan", "deeppink3", "green3") 
colvec[grp] 
plot(Dune.mds, display = "sites", type = "text", cex = 1.5) #or use type = "points" 
points(P4.mds, col = colvec[c2], bg =colvec[c2], pch=21) 

그러나 내가 정말로하고 싶은 것은 SIMPROF 함수를 사용하여 "clustsig"라는 패키지를 사용하여 중요한 그룹화를 기반으로 색상을 지정합니다. 이것은 기술 코딩 언어에 관한 것입니다. 요소의 문자열하지만 난 그것을 위해 지금까지 heres는 그것을 내 코드를

을 할 수있는보다 효율적인 방법이 확신 :

simp <- simprof(Dune.dis, num.expected = 1000, num.simulated = 999, method.cluster = "average", method.distance = "braycurtis", alpha = 0.05, sample.orientation = "row") 
#plot dendrogram  
simprof.plot(simp, plot = TRUE) 

지금 내가 다음 단계는 nmds 음모에 어떻게 다만 확실하지 않다가 SIMPROF에 의해 정의 된 그룹핑을 사용하여 - SIMPROF 결과를 문자 그대로 직접 입력하지 않고도 어떻게 문자열로 만들 수 있습니까?

미리 감사드립니다.

Answer 1

hclust 개체의 색을 얻는 방법을 알고 싶습니다. cutree. 그런 다음 clustsig::simprof의 설명서를 읽으십시오. 이 경우 simprof은 결과 개체 내에 hclust 개체를 반환합니다. 제안 된 클러스터 수인 numgroups을 반환합니다. 이제 알고있는 cutree이 hclust 인 모든 정보가 있습니다. simprof 결과가 simp이라면 을 사용하여 결과에 해당하는 정수 벡터를 추출하고이를 색상에 사용하십시오.

나는 simprof 또는 clustsig을 한번도 사용하지 않았지만이 정보는 모두 설명서에서 수집했습니다.