XML 태그 내에서만 바꾸기. Referencer .reflib에서 bib 명령을 사용하여 파일 이름이 그대로 유지되고 URL 인코딩이 제거 된 bibtex 형식으로 내보내기

Question

Referencer에 많은 참조가 있습니다. Referencer에서 내보낼 때 bibtex 파일에 파일 이름을 포함하려고합니다. 소프트웨어는 기본적으로이 작업을 수행하지 않기 때문에 XML 파일에 bibtex 정보로 파일 이름을 포함시키기 위해 sed 명령을 사용하여 내보내고 파일 이름을 포함하려고합니다.

입력

<doc> 
<filename>file:///home/dwickrama/Desktop/stevenJonesLab/papers/Transcription%20Factor%20Binding/A%20Common%20Nuclear%20Signal%20Transduction%20Pathway%20Activated%20by%20Growth%20Factor%20and%20Cytokine.pdf</filename> 
<relative_filename>A%20Common%20Nuclear%20Signal%20Transduction%20Pathway%20Activated%20by%20Growth%20Factor%20and%20Cytokine.pdf</relative_filename> 
<key>Sadowski93</key> 
<notes></notes> 
<bib_type>article</bib_type> 
<bib_doi></bib_doi> 
<bib_title>A common nuclear signal transduction pathway activated by growth factor and cytokine receptors.</bib_title> 
<bib_authors>Sadowski, H B and Shuai, K and Darnell, J E and Gilman, M Z</bib_authors> 
<bib_journal>Science</bib_journal> 
<bib_volume>261</bib_volume> 
<bib_number>5129</bib_number> 
<bib_pages>1739-44</bib_pages> 
<bib_year>1993</bib_year> 
<bib_extra key="pmid">8397445</bib_extra> 

OUPUT

<doc> 
<filename>file:///home/dwickrama/Desktop/stevenJonesLab/papers/Transcription%20Factor%20Binding/A%20Common%20Nuclear%20Signal%20Transduction%20Pathway%20Activated%20by%20Growth%20Factor%20and%20Cytokine.pdf</filename> 
<bib_extra key="File">article:../Transcription\ Factor\ Binding/A\ Common\ Nuclear\ Signal\ Transduction\ Pathway\ Activated\ by\ Growth\ Factor\ and\ Cytokine.pdf:pdf</bib_extra> 
<relative_filename>A%20Common%20Nuclear%20Signal%20Transduction%20Pathway%20Activated%20by%20Growth%20Factor%20and%20Cytokine.pdf</relative_filename> 
<key>Sadowski93</key> 
<notes></notes> 
<bib_type>article</bib_type> 
<bib_doi></bib_doi> 
<bib_title>A common nuclear signal transduction pathway activated by growth factor and cytokine receptors.</bib_title> 
<bib_authors>Sadowski, H B and Shuai, K and Darnell, J E and Gilman, M Z</bib_authors> 
<bib_journal>Science</bib_journal> 
<bib_volume>261</bib_volume> 
<bib_number>5129</bib_number> 
<bib_pages>1739-44</bib_pages> 
<bib_year>1993</bib_year> 
<bib_extra key="pmid">8397445</bib_extra> 

부분적으로 내가 원하는 일에 나는 다음과 같은 나오지도 명령을 사용할 수 있습니다

있지만, URL 인코딩 "% 20"이 (가) 유지됩니다. bibtex 태그에서만 어떻게 제거 할 수 있습니까?

sed -e 's/\(\ \ \ \ <filename>file:\/\/\/home\/dwickrama\/Desktop\/stevenJonesLab\/papers\)\([^.]*\)\(\.\?\)\(.*\)\(<\/filename>\)/\1\2\3\4\5\n\ \ \ \ <bib_extra\ key=\"File\">article:\.\.\2\3\4:\4<\/bib_extra>/g' NewPapers.reflib > NewPapers.new.reflib 

Answer 1

Regex와 sed는 XML 또는 URL 디코딩을 처리하는 데는별로 좋지 않은 툴입니다.

보다 완벽한 스크립트 언어의 빠른 스크립트를 사용하면보다 명확하고 신뢰할 수 있습니다. 파이썬에서 예를 들면 다음과 같습니다.

import urllib, urlparse 
from xml.dom import minidom 

doc= minidom.parse('NewPapers.reflib') 
el= doc.getElementsByTagName('filename')[0] 
path= urlparse.urlparse(el.firstChild.data)[2] 
foldername, filename= map(urllib.unquote, path.split('/')[-2:]) 

extra= doc.createElement('bib_extra') 
extra.setAttribute('key', 'File') 
extra.appendChild(document.createTextNode('article:../%s/%s:pdf' % (foldername, filename))) 
el.parentNode.insertBefore(extra, el.nextSibling) 
doc.writexml(open('NewPapers.new.reflib')) 

는 (나는 그것이 가장 간단한 방법은 filename= filename.replace(' ', '\\ ') 될 것입니다 형식 정확히 분명 아니다로 백 슬래시 이스케이프 주어진 예제 출력을 재현하는 기능을 포함,하지만하지 않은 그게 맞을지 모르겠다.)

Answer 2

당신이 필요한 것은 오른쪽 뒤에 줄을 추가하는 것입니다. 그래서 검색 한 후 인쇄하십시오.

#!/bin/bash 

s='<bib_extra key="File">article:../Transcription\\ Factor\\ Binding/A\\ Common\\ Nuclear\\ Signal\\ Transduction\\ Pathway\\ Activated\\ by\\ Growth\\ Factor\\ and\\ Cytokine.pdf:pdf</bib_extra>' 

awk -vstr="$s" ' 
/<filename>/{ 
    print 
    print str;next 
} 
{print}' file