pdb가 종료 된 경우에도 Biopython에서 파일을 다운로드 할 수 없습니다.

Question

python3에서 biopython을 사용하여 자동으로 pdbs를 다운로드하려고합니다. 그러나 몇 pdbs 나는 404 오류가 발생 문제가 있습니다.

urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found 

한 예는 어떤 것이 작동하지 않고해야입니다 : 데이터베이스에 4YUU PDB의 파일 종료 및 다운로드 바이오 파이썬 나는 PDB의 어떤 차이를 볼 수 없습니다. 어떤 도움을 주시면 감사하겠습니다. 존재

import Bio 
from Bio.PDB import PDBList 
pdbl=PDBList() 
pdbl.retrieve_pdb_file('4YUU') 

Answer 1

4YUU의 PDF 형식의 파일이 정말 4YUU (홍조류에서 산소 진화 광계 II의 결정 구조)를 위해, 고토 http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4YUU을 does't, 두 미만 :

코드가 사용됩니다 PDB 형식 항목이 회색으로 표시되는 "파일 표시"및 "파일 다운로드"메뉴.

이 내용을 더 이상 보지 않고서는 이것이 매우 큰 단백질이라고 생각하거나 기존의 오래된 텍스트 기반 PDB 파일 형식으로 표현할 수없는 다른 것이 있습니다.

대신 Biopython이 구문 분석 할 수있는 웹 사이트를 통해 PDBx/mmCIF 파일을 다운로드 해보십시오.

다음 릴리스의 Biopython (Biopython 1.69)에는 PDBList 다운로드 코드가 변경되어 지원됩니다.