biopython

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pubmed에서 초록을 얻는 빠르고 효율적인 방법이 있습니까?

나는 대략 2000 Pubmed ID를 말하는 큰 과학적 추상 데이터를 다운로드하고 싶다. 내 파이썬 코드가 엉성하고 다소 느리게 작동하는 것 같습니다. 이 초록을 수확하는 빠르고 효율적인 방법이 있습니까? 이것이 가장 빠른 방법이라면 어떻게 측정하여 작업 상황에 대해 다른 사람이나 집과 비교할 수 있습니까? (다른 ISP가 속도를 낼 수 있습니다)? 아래

biopython pubmed 2017-11-20

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잘못된 사용자 입력이 내 프로그램 충돌을 방지합니다.

UniProt 데이터베이스에서 FASTA 시퀀스에 액세스하려고 시도하고 있습니다. 이것은 현재 유니 코드 (UniProt) 코드를 올바르게 입력 할 때 작동합니다 (예 : P10079와 같이 6 자리 숫자의 문자열). 올바르지 않은 코드를 입력하면 프로그램이 다운됩니다. 나는 오류를 계속 받고 있지만 올바르게 입력 될 때까지 사용자가 다른 코드를 다시 입력

python loops input biopython http-error 2017-12-02

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Weblogo - 셀레 노 시스테인 알파벳

나는 셀레 노 시스테인과 로고를 생성 할,하지만 난 reduced_protein_alphabet과 옵션을 선택하면 나는 오류 'Repetative 알파벳'를 얻을 weblogo -f sc.txt -D fasta -o sc_logo -F pdf -a reduced_protein_alphabet -s large -n 100 -c chemistry

console bioinformatics biopython 2017-10-18

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Bio.PDB mmcif2dict 모듈이 호출 할 수 없음

I은 ​​Bio.PDB에서 retrieve_pdb_file 함수를 사용하여 단백질의 크리스털 구조를 가져 왔습니다. 기본 형식이 PDB에서 PDBx/mmCif로 변경되었습니다. CIF 파일의 헤더에서 단백질 시퀀스를 추출하고 싶습니다. Bio.PDB에서 MMCIF2Dict라고하는 단순한 함수가 있어야하지만 모듈은 호출 할 수 없습니다. 또한 cif 파일을

python header sequence biopython protein-database 2017-10-26

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SeqIO 사전을 Fasta 파일로 작성

원래 내 Fasta 시퀀스를 Bio.SeqIO.to_dict 문으로 사전으로 변환했습니다. 나는 부분화된 사전을 fasta 파일에 다시 쓰고 싶다. 테스트는 fasta 헤더를 키로 사용하고 시퀀스를 인덱스로 사용하는 파이썬 사전입니다. SeqIO.write을 활용하는 시도 내 코드 : with open("example.fasta", "w") as handl

python dictionary biopython fasta 2017-10-27

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PyMedTermino-0.3.3의 설치 파일을 컴파일 할 수 없습니다.

PyMedTermino-0.3.3의 setup.py 파일을 컴파일하려고합니다. 이 메시지 오류 방법 : destination_folder \ setup.py이 출력 에게 어떤 제안을 받고 를 구축 파이썬을 입력 한 후 존재하지 않는 패키지 디렉토리를 '. \ 유틸은'도움이 될 것입니다.

python-3.x bioinformatics biopython medical snomed-ct 2017-11-01

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python이 파일 일 때 폴더라고 말하는 오류가 발생하는 이유는 무엇입니까?

나는 프로그램을 만들고 있는데, 그 중 하나는 ID에 따라 fasta 파일을 분류하는 것이다. 같은 기능에 대해 설명한다 : 나는에서 함수를 호출하고 그 다음 def sorting_files(output,my_fasta_file, sample_name): #to sort the fasta file that contain all the genes

python-2.7 biopython 2017-11-05

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내 NCBI 로그인 이메일이 주어 지더라도 Entirez 이메일 주소가 biopython에 지정되지 않은 이유는 무엇입니까?

UserWarning : 이메일 주소가 지정되지 않았습니다. NCBI의 E- 유틸리티를 사용하려면 NCBI는 요청할 때마다 전자 메일 주소를 지정해야합니다. 예를 들어, 이메일 주소 이 [email protected] 인 경우 다음과 같이 지정할 수 있습니다. Bio 가져 오기 Entrez Entrez.email = '[email protected]' 과도

biopython 2017-11-09

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여러 시퀀스에서 Bio.Blast (NCBIWWW)가 실패하고 정지합니다

Python 2.7에서 NCBIWWW와 함께 Bio.Blast를 사용하여 BLAST를 통해 몇 개의 시퀀스를 구문 분석하려고합니다. 거기에 문제가 하나 또는 몇 시퀀스,하지만 NCBIWW.qblast() 항상 5-7 회 BLAST 검색 후 중지합니다. 중요한 것은 프로그램 은에서 충돌을 일으키지 않고 오류와 함께 종료됩니다. 단지 멈추고 영원히 멈추는 것입

python bioinformatics biopython blast ncbi 2017-11-13

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Biopython : MMTFParser가 원자 사이의 거리를 찾을 수 없습니다.

두 잔기의 C 알파 원자 사이의 거리를 찾기 위해 biopython을 사용하고 있으며 오류가 계속 발생합니다. 이것은 MMTFParser의 "get_structure_from_url"방법을 함께 할 수있는 뭔가가 있나요 ``` >>> from Bio.PDB.mmtf import MMTFParser >>> structure = MMTFParser.get_s

biopython 2017-11-17

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