bioinformatics

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파이썬 사용자 정의 함수 내에서 정규 표현식에 매개 변수를 전달하는 방법은 무엇입니까?</p> <p>'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTCTATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCA'</p> <p>내가 3 개 항목 (예를 들어 예를 들어, TTA 또는 GTT)의 인스턴스를 찾습니다 re.findall 같은 정규 표현식을 사용하고 싶습니다 :

내가 같은 문자열을 말해봐 . 가능한 경우 사용자 정의 함수에 하위 문자열을 전달할 수 있습니까? 내가 'TTA'와 같은 코돈에 대한 몇 가지 입력을 사용하여 위의 준 내 캐릭터에이 함수를 호출 할 때, 모두가 내가으로 얻을 def finder(sequence, codons): Y = re.findall(r'codons',sequence)

python regex bioinformatics 2017-12-29

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텍스트 파일에서 특정 줄을 검색하고이를 사용하여 사전을 만듭니다.

텍스트 파일의 특정 줄을 사용하여 사전을 만들고 싶습니다. 여기 내 TEXTFILE에서 예는 (각각 '페이지'// '로 분리된다) // UNIQUE-ID - INDOLE-3-ACETYL-BETA-4-D-GLUCOSE TYPES - Compounds COMMON-NAME - 4-<i>O</i>-(indol-3-ylacetyl)-β-D-gluco

python database dictionary text bioinformatics 2017-11-16

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어떻게 파이썬에서 특정 각도로 그래프를 낮 춥니 다.

현재 '수행 중'이고 DNA 샘플의 단계 분석을 플로팅 중이고 무언가 잘못되어있는 프로그램을 코딩 중입니다 : Output plot HERE! 오른쪽의 이미지는 MATLAB 및 어떻게 보일 것인가의 예입니다. 내 이미지는 내 프로그램에서 출력됩니다. 보시다시피 파란색 그래프는 오른쪽으로 보이지만 각도가 다릅니다. 나는 코드를 검사했고 그것은 프로그램의 MA

python matplotlib signal-processing bioinformatics analysis 2017-11-18

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Python 3.5를 통해 Windows 10에서 BET을 사용하는 중에 "command 'bet'을 (를) 찾을 수 없습니다"오류가 발생했습니다.

.nii 이미지에서 뇌 추출을 수행해야합니다. Windows 10에서 Anaconda를 사용하고 있으며 Python 3.5.4 기반 환경이 있습니다. 는 Nipype에 나는 FSL에서 BET를 발견하고 나는 코드를 다음 : mybet = fsl.BET() mybet.inputs.in_file = 'example.nii' mybet.inputs.out_f

python windows image-processing bioinformatics nipype 2017-11-22

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점수 매트릭스에서 숨겨진 마르코프 모델

Im는 생물 정보학 과정을 진행하고 있습니다. 위치 특정 확률 매트릭스 (PSPM)에서 숨겨진 Makrov 모델 (HMM)을 모델하는 방법을 알아 내려고합니다. 어떻게 모델링해야하는지 명확한 패턴이 있습니까? PSPM을 기반으로하는 3 개 이상의 주에서 모델을 만드는 방법을 보여줄 수 있습니까? PSPM의 예를 제공 하겠지만 직접 사용해보십시오. 예제는 M

matrix bioinformatics hidden-markov-models 2017-11-26

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파이썬 코드를 FLASK에 연결하기

플라스크에서 사용할 독립형 파이썬 코드를 어떻게 링크합니까? 예. import sys # By design, the patterns come in one per line piped in from STDIN for line in sys.stdin.readlines(): line = line.strip() # 1) Split the pattern i

python flask bioinformatics 2017-11-27

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단안경

사람이 R에 단 안경 패키지를 사용 경험이있는 경우 내에서 설정 셀의 데이터 부분 집합 : 내가 샘플 이름의 벡터를 기반으로 내 데이터를 부분 집합 노력하고 있어요,하지만 나는 그것을 달성 할 수 없다. [email protected]$sampleNames <- example.cells 그러나 나는이 오류가 무엇입니까 : 나는 시도에 의해 replace

r bioinformatics 2017-11-27

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R 패키지를 사용하여 본드 PyMOL을 그립니다. Bio3d

R 패키지 bio3d을 사용하여 단백질의 두 원자 사이에 결합을 그려서 pymol()을 사용하여 PyMOL에 구조를 파싱하고 싶습니다. I 원자 sele.1 및 sele.2 간의 결합/접선/선 그리기하고자 본 예에서는 library(bio3d) # Import PDB file pdb <- read.pdb(system.file("examples/1hel

r bioinformatics pymol 2017-12-04

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FSL이 우분투에 설치되지 않았습니다. 16.04 NeuroDebian에서

우분투 16.04 64 비트에 FSL을 설치하려고합니다. 나는 neurodebian 웹 사이트에서 procedure을 추적하고 올바른 패키지를 선택하고 모든 소프트웨어를 지정했습니다. 나는 파이프 내 sudo는 암호를 묻지 않고 달려 내 터미널의 명령을 복사하여 붙여 넣기 : wget -O- http://neuro.debian.net/lists/xenial

ubuntu install pipe bioinformatics 2017-12-05

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아무 것도 표시하지 않는 기능 출력, Python

Python 3에서 DNA 코돈을 아미노산으로 바꾸는 프로그램을 만들려고합니다. 그러나 코드를 입력 한 후에 오류 메시지가 나타나지 않지만 함수는 아무 것도 표시하지 않습니다. 코드를 실행하고 DNA 코드를 입력합니다. 예 : ATTGTTTCT, ILE VAL SER이 표시되어야합니다. ILE VAL SER이 표시되지 않습니다. 어떤 도움이라도 대단히 감사

python function bioinformatics 2017-12-06

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