R 패키지를 사용하여 본드 PyMOL을 그립니다. Bio3d

Question

R 패키지 bio3d을 사용하여 단백질의 두 원자 사이에 결합을 그려서 pymol()을 사용하여 PyMOL에 구조를 파싱하고 싶습니다. I 원자 sele.1 및 sele.2 간의 결합/접선/선 그리기하고자 본 예에서는

library(bio3d) 

# Import PDB file 
pdb <- read.pdb(system.file("examples/1hel.pdb", package="bio3d")) 

# Atom 1 
sele.1 <- atom.select(pdb, "calpha", resno=43, verbose=TRUE) 

# Atom 2 
sele.2 <- atom.select(pdb, "calpha", resno=54, verbose=TRUE) 

- 매우 사소한 문제점이 가능?

Answer 1

은 R에서 파이 몰 스크립트를 해석 할 수있다 다음으로 단말 파이 몰 pymol.bond.sele.command()의

# Return a string of commands to draw 
pymol.bond.sele.command = function(atom1, atom2, nbond, chainID){ 

    # return PyMOL command to draw a bond between atoms 1 and 2 
    return(paste(paste('distance ', paste('mydist', nbond, ', ', sep=''), 
     'chain ', pymolchain, ' and ', atom1, '/CA, ', 'chain ', pymolchain, ' and ', atom2, '/CA', sep=''))) 
} 

> pymol.bond.sele.command(43, 54, 1, A) 

[1] distance mydist1, chain A and 43/CA, chain A and 54/CA 

복사 출력. 파이 몰 단자에 pymol.bond.lab.rm.command()의

pymol.bond.lab.rm.command = function(nbond, chainID){ 

    # return PyMOL command to remove the distance label drawn for distance element x 
    return(paste('hide labels, mydist', nbond, sep='')) 
} 

> pymol.bond.lab.rm.command(1, A) 
[1] hide labels, mydist1 

복사 출력 :

거리 레이블을 삭제한다.