bioinformatics

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나는 16 개의 핵으로부터 게놈 데이터를 가지고있다. 첫 번째 열은 핵을 나타내고 다음 두 열은 발판 (게놈 섹션)과 발판상의 위치를 각각 나타내고 마지막 두 열은 각각 뉴클레오티드 및 범위를 나타냅니다. 서로 다른 핵에서 동일한 비계와 위치가있을 수 있습니다. 시작 위치와 끝 위치 (발판 및 각각의 위치)에 대한 입력을 사용하여 시작부터 끝까지 범위

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밴 파일의 m 번째 염색체에서 n 번째로 읽음

현재 htslib을 사용하고 있으며 (심지어 bamtools도 사용할 수 있음) this과 같은 것을 통해 연속 읽기가 가능하지만이 코드를 편집하는 방법이 궁금합니다. 연속적으로 읽는 것이 아니라 m 번째 염색체에서 n 번째 읽기를 얻는 것입니다. 이것이 가능한가?

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R 패키지 채식을 사용하면 수동으로 메타 데이터를 추가하지 않고도 NMDS 플롯에 다른 요소의 줄임표를 추가 할 수 있습니까?

서로 다른 시간 지점과 다양한 수집 지점에서 50 개가 넘는 샘플 지점을 사용하여 대규모 데이터 세트에서 NMDS 수식을 수행하려고합니다. 각 샘플 포인트에는 수천 개의 OTU가 시퀀싱/어셈블 링되어 있습니다. 줄임표를 추가하는 한 가지 방법은이 question과 같이 NMDS 플롯에 통합 할 수있는 '메타 데이터'를 수동으로 추가하는 것입니다. 그러나 앞

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SAS에서 반복되는 대상 다변량 회귀 : PROC GENMOD

환자의 시력 데이터가 있습니다. 각 눈에는 EyeID가 할당되고 각 환자에게는 PatientID가 할당됩니다. 각 환자는 2 눈을 가지고 있습니다. PROC GENMOD로 다변량 로지스틱 회귀 분석을하고 있습니다. 환자 당 2 눈이라는 사실을 조정하기 위해 subject = PatientID (EyeID)를 반복하는 옵션을 사용했습니다. 이 올바른지? 아래

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regexpr와 마지막 일치 위치를 찾기

이 질문이 적절하기를 바랍니다. 나는이 모든 일치의 위치와 길이를 반환 gregexpr 사용하면하면서, 나에게 첫 번째 일치의 위치 (길이)를 반환 RegExpr는 사용하는 경우 > x <- "ABCDDDDDABC" : 나는 같은 문자열이있는 경우 . > regexpr("ABC",x) [1] 1 attr(,"match.length") [1] 3

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데이터 프레임 출력이있는 벡터의 모티프 벡터 검색

x라는 문자열 벡터에 일련의 염기 서열이 있습니다. 일부 (예 : 10 개) 모티프가 x에 있는지 확인하고 싶습니다. 행이 X의 시퀀스이고 열이 패턴/모티프가 벡터 sdseqs에있는 데이터 프레임 또는 테이블을 생성하려고합니다. sdframe <- data.frame sdseqs = c("AGGAG.+ATG", "AGAAG.+ATG","AAAGG.+AT

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SAS : 여러 줄의 여러 환자 진단

한 줄에 하나의 진단 코드가있는 환자 진단 데이터 세트가있어 환자가 여러 줄로 진단됩니다. 각 환자마다 고유 한 patientID가 있습니다. 또한 나이, 인종, 성별 등의 환자 데이터가 있습니다. PROC FREQ, Logistic, Univariate 등을 사용하면 환자가 동일한 환자임을 SAS에 어떻게 표시합니까? 이 데이터가 어떻게 생겼는지의 예입니

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mas5 정규화 오류 : 함수에 대해 상속 된 메서드를 찾을 수 없습니다.

목표 : mas5 데이터 정규화. 문제 : 나는 다음과 같은 R 코드를하려고 할 때, 나는이 error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character 내가 SO에 보았다 얻고, 다음 발견 What does thi

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폭발 + 로컬 구성 : nt 및 nr 데이터베이스를 구성하는 방법?

Blast +를 (os sierra)에 구성하고 로컬로 다운로드 한 내 nr 및 nt 데이터베이스를 구성하는 데 문제가 있습니다. 나는 NCBI의 지시 here을 따르려고 노력하고 있으며, 구성 및 예제 실행 단계에 익숙해 져 있습니다. 그것이 말하는 있도록 그들은 내 .bash_profile을 변경하는 말 : 잘 작동 export PATH=$PATH:$H

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SeqIO.index에서 생성 한 사전에서 항목 삭제

파이썬 2.6.6을 사용 중이고 fastq (file2)이 file1과 겹치는 (즉, 동일 함) 읽기를 제거하려고합니다. AttributeError : _IndexedSeqFileDict 인스턴스가 어떤 속성 '__delitem__' 인가가없는 나는 del 내 사용과 관련이 오류, ref_reads = SeqIO.index("file1.fastq", "fa