fastq

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실행 여러 내가 클러스터의 스크립트에서 일하고 있어요 동시에 강타 그래서

에서 라인과 나는이 실행해야합니다 convert_fastaqual_fastq.py -f ITS_C1-5_rRNA.fq -c fastq_q_to_fastaqual convert_fastaqual_fastq.py -f ITS_C3-2_rRNA.fq -c fastq_q_to_fastaqual convert_fastaqual_fastq.py -f ITS_C3-

bash fastq 2017-03-15

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폴더에서 fastq에서 fasta로 다중 시퀀스 변환

폴더에 포함 된 모든 fastq 파일을 fasta 형식으로 변환하려고합니다. 각 파일은 원래 이름을 유지하지만 fasta 확장자로 다음 코드를 작성했습니다. 그러나 각 파일의 마지막 순서 만 추출합니다 !!! #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Getopt::Long; my ($dir, $files,

perl bioinformatics fasta fastq 2016-09-08

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인식 할 수없는 옵션 : I picard.jar

picard.jar를 사용하여 BMA 파일을 FASTQ 형식으로 변환하려고합니다. ERROR: Unrecognized option: I 나는 완전히 혼란 스러워요, 어떤 생각 : java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECON

bioinformatics fastq picard 2016-07-21

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fastq 파일에서 한 쌍의 읽기에서 랜덤 읽기 선택

샘플링 된 쌍 끝 fastq 파일에서 읽기를 무작위로 선택하는 것에 대한 질문이 있습니다. 이 방법에 관한 몇 가지 주제를 읽었지만 아무도 내 문제를 해결할 수 없습니다. 두 개의 fastq 파일 R1.fastq 및 R2.fastq가 있습니다. 내가 성취하고자하는 것은 무작위로 그 파일을 샘플링하고 각 샘플링 된 쌍에서 무작위로 단 하나의 읽기만을 선택하고

bash bioinformatics fastq 2016-06-02

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makefile을 병렬로 실행할 때 디렉토리를 한 번만 만듭니다.

make를 사용하여 생물학적 데이터 분석을위한 파이프 라인을 작성합니다. 내 프로젝트 디렉토리 : PROJECT - DATA - SAMPLEA - A1.FASTQ A2.FASTQ - SAMPLEB - B1.FASTQ B2.FASTQ - RESULTS - SRC - makefile 현재 메이크 파일은 와일

makefile bioinformatics pipeline fastq 2015-01-25

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if satement에서 [[]]로 구분되는 정규 표현식의 공백과 일치하는 배쉬를 얻을 수 없다.

한 줄씩 파일을 읽는 간단한 스크립트를 개발 중이며 각 줄의 내용을 평가하고 라인 번호에 따라 라인 데이터를 처리하십시오. 웬일인지, 공백과 일치하는 정규식을 얻을 수 없습니다. [: space :], [[: space :]], [: blank :], \ s, \, 및 "모두 실패했습니다. (fastq 형식)은 다음과 같이 내 데이터 포맷 : @SRR573

regex bash if-statement whitespace fastq 2015-01-30

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페어링 된 최종 fastq 읽기를 통한 루핑

어떻게 페어 엔드 fastq 파일을 통해 루프 할 수 있습니까? 하나의 끝이 읽는 동안 나는 한 쌍 엔드 파일을 편집 할 경우, 그러나 다음 library(ShortRead) strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz") repeat { fq <- yield(strm) if (length(fq) == 0)

r dna-sequence fastq 2017-02-17

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Sed는 두 개의 일치 항목을 출력하고 정보로 바꿉니다.

여러 줄의 파일에서 ID를 가져 와서 sed를 사용하여 일부 정보를 추가하고 싶습니다. 다른 것을 사용하고 싶지 않습니다. 두 번째 부분 아무튼 grep ">" 19F_4414*.aln | sed -e 's/^.*>/pathfind -t lane -id /1; s/ .*//5' 첫 번째 대체 작동하지만 : 나는 인쇄 할 19F_4414_2.aln:>ta

regex bash sed fastq 2014-12-19

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BioPython으로 fastq 헤더를 변경하고 다시 쓰는 데 오류가 발생했습니다.

postfix/1 및/2를 사용하여 fastq 헤더를 변경하려고 시도하고 새로운 fie로 다시 쓰려고합니다. 그러나이 오류가 발생했습니다 : No suitable quality scores found in letter_annotations of SeqRecord 이 문제를 해결할 수있는 방법이 있습니까? 변경된 fastq 헤더와 일치시키기 위해 품질 점

python bioinformatics biopython fastq 2014-12-22

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SeqIO.index에서 생성 한 사전에서 항목 삭제

파이썬 2.6.6을 사용 중이고 fastq (file2)이 file1과 겹치는 (즉, 동일 함) 읽기를 제거하려고합니다. AttributeError : _IndexedSeqFileDict 인스턴스가 어떤 속성 '__delitem__' 인가가없는 나는 del 내 사용과 관련이 오류, ref_reads = SeqIO.index("file1.fastq", "fa

python dictionary bioinformatics biopython fastq 2017-09-13

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