fastq

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glib 명령 줄이 순서에 따라 구문 분석합니까?

glib의 명령 행 옵션이 구문 분석에 민감합니까? 아래 코드에서 GOptionEntry 배열에 앞에 --bar을 정의합니다. --foo --bar을 구문 분석하면 모두 --bar --foo 만 true로 설정되지만 foo 만 true로 설정됩니다. 정렬되지 않은 옵션이 * nix afaik의 표준이기 때문에 어떻게 순서를 무시할 수 있습니까? #inclu

c command-line-arguments glib fastq 2014-01-16

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배쉬 : 파일 이름

내가 폴더의 모든 파일에 실행할 명령을 의 부품을 교체하고, 명령의 구문은 다음과 같습니다 tophat -o <output_file> <input_file> 는 내가 뭘하고 싶은 것은 스크립트입니다 임의의 폴더에있는 모든 파일을 반복하고 입력 파일 이름을 사용하여 비슷하지만 다른 출력 파일 이름을 만듭니다. 파일 이름은 다음과 같습니다 input nam

bash bioinformatics fastq 2014-09-23

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여러 개의 하위 디렉토리에있는 여러 파일에 동일한 명령을 적용합니다.

각각 하나 또는 두 개의 파일 *.fastq을 포함하는 94 개의 하위 디렉토리가있는 디렉토리가 있습니다. 이 파일들 각각에 동일한 파이썬 명령을 적용하고 새 파일 qc_*.fastq을 생성해야합니다. 나는 각 파일에 개별적으로 bash는 스크립트를 적용하는 방법을 알고 있지만 찾을

python bash fastq 2014-11-19

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ValueError : 밑이 10 인 int()에 대한 리터럴이 올바르지 않습니다. 큰 코드의 일부일 때는 오류가 발생합니다.

defaultdict(<type 'int'>, {'match': 1}) [(0, 0)] [] [] [] Traceback (most recent call last): File "Joinomattic_1.py", line 409, in <module> verboseprint (magic(matching)) File "Joi

python python-2.7 fastq 2014-05-09

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PBS :: Client를 사용하여 스크립트를 실행하려고 할 때 open3 오류가 발생합니다.

다음과 같은 펄 스크립트를 사용하려고합니다. 먼저 fastq 파일을 읽은 다음이 파일을 여러 프로그램에서 분석하는 데 사용합니다. 코드 : PBS에서이 코드 조각에 open3: exec of /store/www/labresults_QC/snRNA_sequence_analyser/data/data_raw/test_run/n8XyeYIkfv failed at

perl pbs qsub fastq 2014-01-31

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파일을 구문 분석하고 일부 필드를 bash에서 헤더로 이름을 사용하여 변수로 사용합니다.

첫 줄에 일련의 필드가 포함 된 파일이 탭으로 구분되어 있습니다 (\t). 나는 선을 따라 가면서 프로그램의 변수로 필드의 일부를 사용하려고합니다. { A=$(head -1 id_table.txt) read; while IFS='\t' read $A; do echo 'downloading '$SRA_Sample_s

bash sed while-loop separator fastq 2014-12-01

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파이썬 스크립트를 더 빠르게 만들 수 있습니까?

필자는 Python을 처음 접했을 때 fastq 파일에서 임의로 시퀀스의 하위 집합을 선택한다고 가정합니다 (아마도 매우 못생긴) 스크립트를 작성했습니다. fastq-file은 정보를 4 행씩 블록 단위로 저장합니다. 각 블록의 첫 번째 행은 문자 "@"로 시작합니다. 입력 파일로 사용하는 fastq 파일은 약 14,000,000 줄을 포함하는 36GB입니

python performance bioinformatics fastq 2014-12-04

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왜 fastx_trimmer는 내 fastq 파일이 알 수없는 파일 형식이라고 생각합니까?

Illumina NextSeq에서 실행 한 일부 .fastq 파일이 있습니다. 많은 서열은 poly-A 영역을 가지고있어이를 매핑하는 것을 복잡하게 만든다. 나는 10 연속 A의 모든 시퀀스를 제거하려면 다음과 같이 fastx_clipper 사용하여 그렇게하도록 노력 해왔다 : ha1c6n8$ fastx_clipper -l 32 -Q33 -n -v -a A

bioinformatics fasta sequencing fastq 2014-08-29

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깨끗한 중복 파일

글쎄, 나는 메이크 파일의 도움으로 나를 위해 일부 데이터를 실행하는 파이프 라인을 가지고있다. 이 파이프 라인은 내가 정리하고자하는 엄청난 양의 중복 파일을 생성합니다. 파이프 라인을 실행하는 데 1 개의 메이크 파일이 있습니다. 그리고 파이프 라인 자체는 다른 많은 메이크 파일과 연결되어 있습니다. 내가이 스크립트는 파이프 라인을 호출하고에 제공 run

makefile fastq 2014-04-04

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여러 쌍의 파일에 대해 명령을 실행합니다.

명령 command.py가 있으며 두 파일 (File_01_R1.fastq ~ File_01_R2.fastq)이 쌍으로 연결되어 있다고 가정 해보십시오. 한 쌍으로 실행되는 명령은 다음과 같습니다. command.py -f File_01_R1.fastq -r File_01_R2.fastq 그러나 각 파일에는 R1과 R2 버전이 있습니다. 이 명령을 가지

bash unix fastq 2014-10-29

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