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Qsub 스크립트가 작동하지 않습니다. "Command not found"

5 개의 명령 줄 인수를 허용하는 "example.sh"스크립트를 실행하고 있습니다. ./example.sh arg1 arg2 arg3 arg4 arg5 을 그리고 내가 (또는 "./"제외) SGE 클러스터에 실행하려고하면 이제 파일 result1.txt을 반환합니다 : 이 잘 작동 qsub ./example.sh arg1 arg2 arg3 arg4 a

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다른 런타임 매개 변수로 여러 qsub 작업 보내기

어제 밤에 동일한 실행 파일이지만 입력 매개 변수가 다른 많은 작업을 qsub과 함께 보냈습니다. 일자리의 대부분은 다른 사람들이 끝내기를 기다리는 대기열에있었습니다. 오늘 아침, 대기열에 있던 모든 작업이 입력 파일의 마지막 인스턴스를 사용함을 알게되었습니다. 이 문제를 해결하기위한 표준 방법은 무엇입니까? 작업마다 하나의 입력 파일을 가지고 코드를 컴파

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qsub를 사용하여 HPC에서 로컬 R 설치를 사용하는 방법

특정 R 버전을 전역으로 설치할 수없는 클러스터에서 작업합니다. <generic_path>/R/R-X.Y.Z 내가 로컬 일부 패키지를 설치 : : 나는 쉘 스크립트 (bash에), 환경 변수를 설정하는 방법 <generic_path/R/packages 내가 폴더를 R에 대한 특정 버전을 내장 점을 감안 이 특정 R 버전을 실행하기위한 별명은 로컬 패

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많은 수의 큰 파일을 s3에 전송합니다.

원격 서버에서 s3 버킷까지 파일 크기가 69MB에서 25GB까지 인 4500 개의 파일로 구성된 약 31TB의 데이터를 전송합니다. #!/bin/bash FILES="/path/to/*.fastq.gz" for i in $FILES do echo "$i" s4cmd put --sync-check -c 10 $i s3://bucke

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SGE 제출 스크립트 작성 시도

작업 bash 스크립트를 SGE 스크립트로 편집하여 클러스터로 작업으로 제출하려고합니다. #!/bin/bash # Perform fastqc on files in a specified directory. for ((j=1; j <=17; j++)) do directory=/data4/una/batch"$j"/ files=$""$d

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내가 다음과 같습니다 파이썬 스크립트 <code>main_script.py</code>이 qsub를

에서 파이썬 스크립트를 실행 qsub을 사용하여 for 루프를 병렬 처리하십시오. 내가 qsub를 호출하고 main_script.py 가 나는 또한 main_script.py을 적용 할 필요가 있다고 생각 실행되지만 쉘 스크립트를 작성하는 방법을 //mypath//pathfile1 //mypath//pathfile2 ... //mypath//pathf

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Sun Grid Engine : qsub 명령으로 제출 된 작업

Sun Grid Engine 대기열 처리 시스템을 사용 중입니다. 나는 각 작업을 명령하는 발견 할 #! /bin/bash echo cd `pwd` \; "[email protected]" | qsub 5 개 작업이 실행되는 것을 가정하면 같은 #! /bin/bash for i in 1 2 3 4 5 do sh qsub.sh python

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Torque qsub가 출력 파일을 생성하지 않는 이유는 무엇입니까?

내가 명령 토크 PBS를 통해 클러스터에서 시작 작업을 시도 qsub -o a.txt a.sh 파일 a.sh 단일 문자열을 포함 : 나는 다음 출력을 제공하는, qstat를 명령을 명령 qsub를 한 후 hostname : Job ID Name User Time Use S Queue ------------------------- -

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파이썬 : 서브 프로세스가있는 반향

파이썬 스크립트에서 qsub에 태스크를 할당하려고합니다. qsub를 제출에 대한 지금까지 내가 항상 사용하고 이러한 표현은 : echo "python script.py arg1 arg2" | qsub 나는 파이썬에서이 명령을 재현 해 보았습니다 : command 비록 command = 'echo "python sub_master_script.py ' +

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입력이있는 작업 스크립트가있는 Qsub

Java 코드를 qsub에 작업으로 제출하려고합니다. 명령은 qsub -N job_$var -S /usr/bin/java -cp "classpath" file.java 은 qsub가 -cp 그것의 인수이며 오류가 발생한다고 가정 간다.