qsub를 사용하여 HPC에서 로컬 R 설치를 사용하는 방법

Question

특정 R 버전을 전역으로 설치할 수없는 클러스터에서 작업합니다.

<generic_path>/R/R-X.Y.Z 

내가 로컬 일부 패키지를 설치 : : 나는 쉘 스크립트 (bash에), 환경 변수를 설정하는 방법

<generic_path/R/packages 

내가 폴더를 R에 대한 특정 버전을 내장 점을 감안 이 특정 R 버전을 실행하기위한 별명은 로컬 패키지 디렉토리에서 패키지를로드합니까?

Answer 1

옵션 1 :

alias R="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin/R" 
export R_LIBS="<path_to_R>/R/packages" 
export PATH="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin:${PATH}" 

: HPC (내 경우에는 위해 qsub 스크립트)에 대한 쉘 스크립트를 사용하여이 , 이것은 다음 줄을 포함하는 쉘 스크립트 (예에서 떠들썩한 파티를) 실행 가능하다 하 할 수도 있고 당신의 HPC 시스템에 따라 :

source makeenv.sh 

옵션 2 :

스크립트와 함께 qsub를 스크립트 내에서 실행 할 수있다 (여기서 나는 makeenv.sh라는)

myRcode.R

library("data.table", lib.loc = "path/to/my/libs") 
# some more R code... 

:

myBsubFile.sh을

#!/bin/bash 
# some #BSUB headers... 
# ...  

module load /R/R-X.Y.Z 
Rscript myRcode.R 

는 다음과 같이 R 스크립트 라이브러리를로드 한 후 사용 그렇다면, module availmodule load 명령을했습니다