qsub

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내 부서의 컴퓨팅 클러스터를 Sun Grid Engine과 함께 사용 중입니다. 여러 R 작업을 실행해야 할 때 보통 'R CMD BATCH r01.r', 'R'이있는 s01.sh, s02.sh, ..., s50.sh라는 쉘 스크립트 파일을 작성합니다. CMD BATCH r02.r ', ...,'R CMD BATCH r50.r '이 그 내용입니다. 그런 다

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원격으로 qsub 컴퓨팅 노드에 액세스

qsub을 사용하여 두 개의 Java 프로세스를 생성하는 장기 실행 작업을 제출했습니다. 그 중 하나는 일부 포트에서 Java RMI 호출을 수신 대기 중입니다. qsub는 해당 작업을 노드 "compute-0-37"에 지정합니다. RPC 호출 (이 경우 Java RMI)을 통해 원격으로 (헤드 노드가 아닌 다른 노드에서) compute-0-37과 통신 할

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R 스크립트를 heredoc으로 qsub하는 방법은 무엇입니까?</p> <pre><code>my_var="foobar" qsub <<HERE #!/bin/bash echo "$my_var" HERE </code></pre> <p>을 그리고이 같은 떠들썩한 파티 히어 닥와 함께 R 스크립트를 실행할 수 있습니다 :

나는이 같은 qsub에 직접 bash는 히어 닥을 제출할 수 my_var="foobar" Rscript - "arg1" "arg2" <<E0F ## R code cat("\nR loaded\n") args <- commandArgs(TRUE) cat("Script args are:\n") args pr

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작업 출력을 기록하지 않습니다 qsub를 함께 등정 유입 내가 test.sh라는 작업이 상태

E : 나는의 qsub test.sh와 함께 제출 #!/bin/sh -e #PBS -S /bin/sh #PBS -V #PBS -o /my/many/directories/file.log #PBS -e /my/many/directories/fileerror.log #PBS -r n #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltim

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작업 배열에 대한 종속성이있는 토크 작업

배열 완료에 따라 토크 작업을 제출하려고합니다. FIRST=`qsub -q hep -t 1-5 foo.sh` qsub -q hep -W depend=afterok:$FIRST bar.sh 첫 번째 작업 배열이 제출하고 잘 완료하지만 두 번째 작업 bar.sh 그냥 무기한 보유. 첫 번째 인수에서 배열 옵션을 제거하면 두 번째 작업이 계획대로 성공하지만 문제

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qsub : 마지막 작업 ID 제출

나는 Sun Grid Engine을 사용하여 qsub과 함께 제출 된 마지막 작업의 ID를 어떻게 얻을 수 있습니까? 는 현재 당신이 qsub 명령의 출력에서 작업 ID를 캡처해야 alias lastjob="qstat -u $(whoami) |tail -n1| sed '/LOGIN/d'|cut -d' ' -f1"

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Linux를 실행하는 Cray 시스템에서, 자동화 된 BASH 스크립트에서 aprun을 사용하여 여러 qsub 요청을 제출할 수 있습니까?

특히, Cray는 qsub 요청에 포함 된 특수 명령 (aprun)을 사용하여 배치 노드에서 작업을 실행해야합니다 (Cray의 기본값은 aprun 구문없이 로그인/계산 노드에서 실행 됨). 크레이 리눅스 슈퍼 컴퓨터에 qsub 요청을 손으로 키 입력 할 때, 감독 구문은 다음과 같습니다 사용자가 -V합니다 ( qsub 문에서 매개 변수를 나타내는 통과) 후

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qsub를 사용하여 작업을 제출할 때 어떻게 로컬로 설치된 Python 패키지를 포함시킬 수 있습니까?

예를 들어 제가 사용하는 일부 패키지를 설치 한 슈퍼 컴퓨터 클러스터에 계정이 있습니다. "pip install - user keras". qsub를 사용하여 대기열에 작업을 제출할 때 "export PYTHONPATH = $ PYTHONPATH : [$ HOME] /. local/lib/python2.7/site"를 설정하여 시스템이 내 로컬 패키지를 볼

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내 qsub 작업이 실행되고/쓰여지고있는 곳을 어떻게 알 수 있습니까?

SGE에 대한 질문에 대한 어리석은 질문입니다. 나는 스크립트 "mpiexecutable"의 작업이 다시 input.file에 기록 다음 매개 변수를 최소화하기 위해 input.file에 행동하는 것입니다 #PBS -V #PBS -l select=1:ncpus=20:mpiprocs=20,walltime=01:00:00 #PBS -o /path/to/ou

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SLURM 다른 작업이 완료되면 작업을 qsub하는 방법은 무엇입니까?

현재 SLURM 만 사용하여 작업을 제출하는 Linux 기반의 HPC를 사용하고 HPC는 12 시간 동안 작업을 실행할 수 있습니다. 그러나 좋은 결과를 얻으려면 일주일 동안 24 개의 작업을 지속적으로 실행해야 할 수도 있습니다. 작업이 완료되면 다시 (자동으로) 작업을 실행할 수 있습니까? 종류 안부 추가 : 작업이 생성됩니다이 .out 파일을 완료 .