slurm으로 비대칭 하이브리드 매핑을 수행하려고합니다. 내 코드는 3 mpi tasks이어야합니다. 그러나 task 1과 2에는 하나 이상의 CPU가 있어야합니다. mpi task 0에는 단 하나의 CPU 만 있어야합니다. 내가 현재이 slurm 구성 사용이 구성에서 #SBATCH --nodes 3
#SBATCH --ntasks 3
#SBATCH --
가능 출시는 이런 식으로 스크립트없이 배치 명령입니다 qsub -l select=1:ncpus=12:mem=112GB -l walltime=00:30:00 -- /usr/bin/bash -c "mpirun -np 12 sleep 10" 이 가능 sbatch와 Slurm에서 할 수 있나요? --wrap 옵션
처음으로 SLURM 스크립트를 사용하여 처음으로 계산에 클러스터를 사용하고 있습니다. 저는 숫자 목록을 통해 사용하고있는 파이썬 코드를 반복하고 있습니다. 전에 bash 스크립트에서 간단한 while 루프를 사용하여 내 컴퓨터에서이 작업을 수행했습니다. 나는 이것이 SLURM 스크립트로 직접 변환 될 것이라고 생각했다. 그러나 실행시 목록의 첫 번째 번호
blog post by Pierre Lindenbaum에서 내에서 srun이 호출되어 작업을 실행합니다. 이 기술을 사용하지만 전혀 sbatch을 사용하지 않으므로 sbatch과 같은 환경 변수를 설정할 기회가 없습니다. SLURM이 무엇을해야하는지 알 수 있도록 다음 중 어디에 넣을 수 있습니까? #SBATCH -J testing
#SBATCH -A a
클러스터의 R에서 시뮬레이션을 실행 중입니다. 각 R 파일에는 100 개의 모델이 포함되어 있습니다. 각 모델은 다른 데이터 세트를 분석합니다. 클러스터 명령은 아래에 표시된 slurm 파일에 포함되어 있습니다. 작은 비율의 모델은 헤 시안을 추정하기에 충분히 수렴하지 않으며 이러한 모델에 대해 오류가 생성됩니다. 오류는 오류 로그 파일에 있습니다. 그러나
내에서 실행되지 않습니다 #!/usr/bin/env Rscript
#./geneiase -t static -i mydata.tab
내가 직접 명령 줄에서 내 데이터에 스크립트를 실행하면 오류 또는 경고없이 시작합니다. 하지만 프로그램은 계산이 너무 까다 롭습니다. 따라서 Slurm이라는 작업 스케줄러를 사용하여 클러스터에 작업을 제출해야합니다. 일괄
나는 slurm에서 배열 작업으로 실행중인 작업의 무리가 있습니다 내가 scancel에 매뉴얼 페이지를 읽으면서 123_[1-500] PD my_job 0:00 me
123_2 R my_job 9:99 me
123_3 R my_job 9:99 me
123_4 R my_job 9:99 me
123_5 R my_job 9:99 me
...
내가 뭔가 지금 잘 작동하고 snakemake --cluster ...
를 사용하여 snakemake 파이프 라인을 실행하고 있습니다로 하나의 규칙을 제출하지 마십시오. 그러나 여기서는 설명하지 않기 때문에 규칙 중 하나를 직업으로 제출하지 말고 snakemake가 실행중인 머신/노드에서 실행되도록하겠습니다. 그러한 예외를 만들 수 있습니까?
저는 100 개의 작업 배열을 가지고 있습니다. 나는 작업 배열의 작업을 최대 2 개까지 동일한 노드에 할당 할 수 있습니다. SLURM을 사용하여 이것을 어떻게 할 수 있습니까? 감사! 작업이 노드가 균일 한 구성이, 그, 그리고 클러스터에 혼자 있다는 노드를 공유 할 수 있다는 가정
일부 프로그램이 실행되는 동안 파이썬 3에서 메모리 (램) 사용을 기록하는 방법이 있습니까? 일부 배경 정보 나는 slurm을 사용하는 hpc 클러스터에서 시뮬레이션을 실행하는데, 여기서 job을 보내기 전에 메모리를 예약해야합니다. 나는 직업이 많은 기억을 필요로한다는 것을 알고 있지만, 나는 얼마나 많이 확신하지 못한다. 그래서 시간이 지남에 따라 메모