snakemake

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저는 각 환경마다 자신의 환경 조건을 고려하여 두 개의 별도 분석 파이프 라인을 만들었습니다. 이제는 두 개의 파이프 라인을 서브 워크 플로우로 사용하여 우산 뱀장어를 만들고 있습니다. 자체 환경에서 두 개의 다른 파이프 라인을 사용할 수 있습니까? 문서에서 다시 찾을 수 없습니다. 그리고 --use-conda 옵션을 사용하여 하위 작업 흐름의 각 규칙에

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규칙의 중첩 구성 변수에 액세스

Snakemake를 처음 사용하고 중첩 된 구성 값이 작동하는 방법을 알아 내려고했습니다. 내 Snakefile에서 (다른 사람의 사이에서)이 규칙과 함께 갈 ... 다음 설정 파일 ... # dummyconfig.json { "fam1": { "numchr": 1, "chrlen": 2500000, "seeds"

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Snakemake 규칙에서 conda 환경을 사용하여 파이썬 모듈을 가져올 수 없습니다.

Snakemake 작업 흐름을 실행하기 위해 Python 3.5로 Conda 환경을 만들었습니다. Snakemake 규칙에서 별도의 Conda 환경을 사용하고 있습니다. 나는 파이썬 2 libs를 사용하여 그것들 중 하나를 실행하고 싶습니다만, 여기에서는 특정 모듈을 가져올 수 없습니다. 이 수입 python2 my_script.py 그리고 파이썬 스크

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규칙 내에서 conda 환경 경로를 얻는 방법은 무엇입니까?

이전 버전의 Snakemake (3.9.1에서 bioconda와의 통합을 사용하여 테스트 됨 --use-conda)에서는 environment.yaml 파일의 md5 해시를 확인하고 해당 환경을 workdir/.snakemake/conda에서 찾을 수있었습니다./md5 버전 4.3.0에서 파일의 md5 해시가 환경 폴더와 일치하지 않습니다. 소스 코드를 살

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설정 파일에서 snakefile 변수 사용하기 [snakemake]

설정 파일에서 Snakefile의 변수를 사용할 수 있습니까? 아래 예제에서 Snakefile이 'foo'를 변수 이름으로 인식하고 그 값을 사용하길 원합니다. Snakefile : from pathlib import Path foo = Path('path_to_dir') rule all: input: config['OUT_FIL

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Snakemake는 작업

내가 뭔가 지금 잘 작동하고 snakemake --cluster ... 를 사용하여 snakemake 파이프 라인을 실행하고 있습니다로 하나의 규칙을 제출하지 마십시오. 그러나 여기서는 설명하지 않기 때문에 규칙 중 하나를 직업으로 제출하지 말고 snakemake가 실행중인 머신/노드에서 실행되도록하겠습니다. 그러한 예외를 만들 수 있습니까?

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snakemake dry run에서 규칙 대신 명령을 인쇄 할 수 있습니까?

드라이 런은 워크 플로 언어의 매우 중요한 기능입니다. 내가 무엇을보고 있는지는 주로 명령어를 실행하면 무엇이 실행될 것인가이며 이것은 정확히 make -n을 실행할 때 나타나는 것이다. Building DAG of jobs... rule produce_output: output: my_output jobid: 0 wildca

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snakemake 호출에서 첫 번째 레벨이 아닌 configfile에서 매개 변수를 덮어 쓰는 방법은 무엇입니까?

구문을 이해할 수 없습니다. 예를 들어 : snakemake --configfile myconfig.yml --config myparam="new value" 이 워크 플로우 실행시 YAML 파일에서 config["myparam"]의 값을 덮어 쓰게됩니다. 하지만 config["myparam"]["otherparam"]을 덮어 쓰려면 어떻게해야합니까?

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룰 쉘 스크립트와 작업 ID를 일치시키는 방법

snakemake가 내 bowtie2 정렬 작업을 막 완료했습니다. 당신이 bowtie2의 출력 정렬 요약 알고 는 그러나 : 23774776 reads; of these: 23774776 (100.00%) were paired; of these: 5928889 (24.94%) aligned concordantly 0 times

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Snakemake - LSF (bsub) 클러스터 구성을 규칙에 따라 재정의합니다.

클러스터 구성 파일의 메모리 및 리소스에 대한 기본 설정을 정의한 다음 필요시 규칙에 따라 재정의 할 수 있습니까? resources 필드가 클러스터 구성 파일에 직접 연결되어 있습니까? 아니면 가독성을위한 필드 params에 대한 멋진 방법입니까? 아래의 예에서 , 어떻게 rule a에 대한 기본 클러스터 CONFIGS를 사용하지만, rule b에 사용자