snakemake 호출에서 첫 번째 레벨이 아닌 configfile에서 매개 변수를 덮어 쓰는 방법은 무엇입니까?

snakemake --configfile myconfig.yml --config myparam="new value"

이 워크 플로우 실행시 YAML 파일에서 config["myparam"]의 값을 덮어 쓰게됩니다.

하지만 config["myparam"]["otherparam"]을 덮어 쓰려면 어떻게해야합니까?

감사합니다.

2017-11-24 rioualen

현재로서는 불가능합니다. 일반적인주의 사항 : --config는 재현성과 데이터 출처 (Snakemake를 호출 한 명령 행을 기억해야 함)를 무효로하기 때문에 --config를 가능한 한 적게 사용해야합니다.

2017-11-27 10:08:37

답변 해 주셔서 감사합니다. 필자는 configfile에 모든 것을 넣기 위해 보통이 매개 변수를 사용하지 않지만 손을 더럽 히지 않고도 워크 플로를 변경하는 방법을 보여주기 위해 일종의 교습 방식으로 예외적으로 사용하고 싶었습니다. – rioualen

--config 매개 변수를 사용하면 호출 된 규칙에 영향을 미치므로이 변경이 dag 및 규칙 그래프에 나타나지 않는 것으로 나타났습니다. 의도 한 동작입니까? – rioualen

Nope. 이것은 놀랍습니다. 최소한의 예제로 문제를 열 수 있습니까? –

답변