0
저는 각 환경마다 자신의 환경 조건을 고려하여 두 개의 별도 분석 파이프 라인을 만들었습니다. 이제는 두 개의 파이프 라인을 서브 워크 플로우로 사용하여 우산 뱀장어를 만들고 있습니다. 자체 환경에서 두 개의 다른 파이프 라인을 사용할 수 있습니까? 문서에서 다시 찾을 수 없습니다. 그리고 --use-conda 옵션을 사용하여 하위 작업 흐름의 각 규칙에 별도의 환경을 사용하지 않는 것을 선호합니다.서브 워크 플로우마다 서로 다른 환경을 사용합니다.
누군가가 해결 방법을 찾도록 도와 주거나 두 파이프 라인의 모든 도구가 포함 된 하나의 큰 환경을 만들어야 할 필요가 있습니다. 이는 나에게 매우 효율적이지 않습니다.
SAMPLES=['a','b','c']
subworkflow one:
workdir:"snake_one/"
configfile:"snake_one/config.yaml"
subworkflow two:
workdir:"snake_two/"
configfile:"snake_two/config.yaml"
rule All:
input:
one(expand("../reports/{sample}-report.html",sample=SAMPLES)),
two(final.txt),
ps. 나는 또한 snakemake 공개 토론에이 질문을 질문했다, 그러나 나는 이것이 물을 것이다 더 나은 장소다는 것을 것을을 보았다.