동일한 모델 (블랙 박스)의 300 개의 작업을 실행해야합니다. 그러나 때로는 세그먼트 오류는 다음과 같은 오류 메시지와 함께 모델 내부에서 발생 srun: error: nodexyz: task 0: Segmentation fault
클러스터는 자원 관리자로 SLURM을 사용하고 난 실패하면 자동으로이 작업을 다시 대기하고 싶다.
모든 SLURM 노드를 유지 관리 준비를 위해 "배수"로 설정 한 다음 노드가 재개 될 때까지 모든 새 작업이 보류 상태를 유지합니다. 유지 관리 창 전에이 작업을 수행하므로 모든 실행중인 작업이 완료 될 수 있습니다. 그건 꽤 많은 클러스터 시간을 낭비합니다. 이 주어진 시간보다 짧아 지도록 노드가 --time=x 인수와 함께 배치 작업 만 수락하도록 지
나는과 같이 표준 SLURM 제출을 사용하여 스크립트를 제출 마스터 스크립트가 : 실행시 cat > $jobfile <<EOF
#!/bin/bash
# auto-generated job file
# generated from $PWD/$0
# on ${DATE}
#SBATCH --job-name=PAINT
현재 프로젝트에서 나는 slurm multiprog conf (256 글자의 한계가있다)에 명령어가 너무 길다는 문제가있다. 이 문제를 해결하려면 배치 파일에 변수 (경로, 사용자 데이터, 파일 이름)를 정의하고 multiprog 구성 파일에서 사용하고 싶습니다. 아줌마 구글과 오히려 스파르타의 문서는 나에게 힌트를주지 않았다. 환경 변수를 살펴 보았지만
표준 통계 시뮬레이션을 실행 중입니다. 100 개의 배열 노드 중에서 10000 개의 반복 (각각 다른 랜덤 시드가 있음). 저는 과거에도 여러 번 해봤지만 항상 원하는 결과를 얻었습니다.하지만 이번에는 모두 100 개의 노드가 모두 동일한 임의의 시드를 가진 것처럼 똑같은 결과를 산출했습니다. LSF에 미묘한 무언가가있어 모든 것을 같은 씨앗으로 만들 수
일부 작업이 sbatch로 시작되었습니다. c=$(sbatch --dependency=afterany:$a:$b ...)
어떻게 C의 스크립트 작업 A와 B의 종료 상태를 전달할 수 있습니다 : A 또는 B 완료 후 a=$(sbatch ...)
b=$(sbatch ...)
지금 세 번째 작업은 대기?
SLURM에서 sacct 명령의 JobName 열에 사용 된 문자 수를 확장 할 수 있습니까? JobID JobName Elapsed NCPUS NTasks State
------------ ---------- ---------- ---------- -------- ----------
12345 lengthy_na+ 00:00:01 4 1
나는 phylip 파일마다 하나의 나무를 만들기 위해 RAxML이라는 계통 발생 소프트웨어를 사용하고 있습니다. 3 개의 phylip 파일이있는 디렉토리의 경우 다음을 수행했습니다. ##files in directory
Ortho1.phy Ortho6.Phy Ortho6.Phy
for f in /home/Single_trees/trimmed_align