2017-03-18 11 views
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표준 통계 시뮬레이션을 실행 중입니다. 100 개의 배열 노드 중에서 10000 개의 반복 (각각 다른 랜덤 시드가 있음).LSF의 배열 작업 : 시드 설정?

저는 과거에도 여러 번 해봤지만 항상 원하는 결과를 얻었습니다.하지만 이번에는 모두 100 개의 노드가 모두 동일한 임의의 시드를 가진 것처럼 똑같은 결과를 산출했습니다. LSF에 미묘한 무언가가있어 모든 것을 같은 씨앗으로 만들 수 있습니까?

R 작업을 실행 중이며 R에서 종자를 설정하지 않았습니다. 배열의 작업 색인에서 R의 시드를 설정하는 것이 하나의 해결책이라는 것을 알았지 만, 무슨 일이 있었는지 파악하려고합니다. . BTW 나는 스케줄러가 동시에 모든 작업을 시작하지 않았다는 것을 알아요. 여기

는 최소 예이다 :

#BSUB-J test[1-10] 
#BSUB-o Rout/sim%I.out 
#BSUB-W 12:00 
#BSUB-q short 

module load stats/R/3.2.1 

R CMD BATCH --no-save arraytest.R Rout/sim${LSB_JOBID}${LSB_JOBINDEX}.Rout 

arraytest.R 제 경우

write.csv(rnorm(100), file = paste('rnorms', Sys.Date(), ',', format(Sys.time(), "%H.%M.%S"), '.txt', sep = '')) 

답변

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이되었다

array.test.sim.job (10 개 개의 출력 파일이 동일) 손상된 .Rdata 파일로 인해 작업 디렉토리에 나타났습니다. 이 파일을 삭제하거나 플래그 --no-restore를 사용하면 문제가 해결됩니다.

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그냥 평범한'.RData' (즉, * 안에 아무것도 없다.) 그래서 당신의 R 세션이 그것을로드하고 그것으로부터'.Random.seed'를 얻었습니까? – Spacedman

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네, 맞습니다. 고마워요. – user36302