다른 런타임 매개 변수로 여러 qsub 작업 보내기

Question

어제 밤에 동일한 실행 파일이지만 입력 매개 변수가 다른 많은 작업을 qsub과 함께 보냈습니다. 일자리의 대부분은 다른 사람들이 끝내기를 기다리는 대기열에있었습니다. 오늘 아침, 대기열에 있던 모든 작업이 입력 파일의 마지막 인스턴스를 사용함을 알게되었습니다.

이 문제를 해결하기위한 표준 방법은 무엇입니까? 작업마다 하나의 입력 파일을 가지고 코드를 컴파일하여 올바른 코드를 읽어야합니까? 아니면 더 나은 /보다 강력한 솔루션이 있습니까?

Answer 1

당신은 병렬 또는 순차적 중 하나를 실행, 다른 입력 paramters을 통해 루프 마스터 PBS 스크립트를 만들 수 있습니다이 단순히 각 작업 (IN)에 대해 서로 다른 입력 번호를 executable 제공

,이를 변경해야 필요에 따라 하나 이상의 입력 매개 변수를 루프 할 수 있습니다.

# PBS -l mppwidth=2048 

NIN=10 # number of input parameters 

for IN in `seq -w 1 $NIN`; do 
    cd "sub_job_${IN}" 
    executable $IN # runs jobs sequentially (you might have to prefix this with aprun) 
done 

또는 병렬로

는 :

# PBS -l mppwidth=2048 
# ^^ these should now be shared among the jobs. 

NIN=10 # number of input parameters 

for IN in `seq -w 1 $NIN`; do 
    cd "sub_job_${IN}" 
    executable $IN & # runs the job in the background, you might 
        # have to prefix this with `aprun -n .. -N ..` or something 
        # so that each job only uses a portion of the total 
        # requested CPUs. 
done 
wait # wait for all jobs to finish