DNA 시퀀스 파일 (FASTQ 파일) 작업 중입니다. Read2- @ NAAAGTGAGATTCGAAATAAATACATCTGTGGCTTCACTTTGAACGGAACGATGTTCTCGTAT
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1D=DDADEHHHHHIGIJJJJGGFGHIHIJJIJJJJJIIIIGG99BDGHHHEGHJJIHHJJGIH
좋은 Read1- 2 나쁜 장소 Read3
@solved C 번호를 구문 분석의 속도를 향상 난 펄에서 phred33의 fastq 파일을 구문 분석하고하고 (15 분 정도) 상당한 시간이 걸리는 배 빠릅니다. fastq 파일은 약 3 기가입니다. 이렇게 빨리 만들 수있는 합리적인 방법이 있습니까? $file=shift;
open(FILE,$file);
open(FILEFA,">".$file.".
다음은 내 코드의 약간 : for((a=1;a<=8000000;a++))
do
if (($a%4==0))
then
b=`cat 101127_2_aa_1.fastq|head -$a|tail -1|sed 's/\(.\)B*$/\1/g'|wc -c`
echo `cat 101127_2_aa_1.fastq|head -$(($
bash 스크립트에서 실행하려는 명령이 들어있는 문자열이 있습니다. 어떻게해야합니까? 정말 기본적인 질문에 대해 유감이지만 저는 bash를 처음 접했습니다. 이 내 코드입니다 : echo "What is the path to save the result files?"
read out_path
end_cm1=$"fastqc -o "$out_path$"
bam 파일에서 일부 FastQ 파일을 추출하려고합니다. Picard는 SamToFastq로이 작업을 수행 할 수 있습니다.이 도구의 설명서에는 bam 또는 sam 파일 중 하나가 허용됩니다. 하지만 실행하면 읽기 하나만 추출한 다음 종료됩니다. 다음은 오류 메시지입니다. 어떤 도움을 주셔서 감사합니다. 그것이 나오는 것에 따라 [[email protect
5Gb에서 35Gb 크기의 큰 fastq 파일을 처리하기 위해 짧은 파이썬 스크립트를 작성했습니다. 나는 많은 코어를 가진 리눅스 서버에서 스크립트를 실행 중이다. 스크립트는 전혀 병렬로 작성되지 않으며 평균적으로 단일 파일에 대해 약 10 분 정도 소요됩니다. 내가 과정을 다시 밀어 & 기호를 사용하여 $ python my_script.py file1 &