fastq 파일에서 PHRED 점수를 검색하고 단일 목록에 모든 PHRED 점수를 저장 한 다음 다른 기능으로 전달하는 코드를 작성했습니다. 너무 다음과 같습니다 def PHRED_get():
temp_scores = []
all_scores = []
fastq_location
print("Building PHRED sc
코딩에 익숙하지 않아 내 자신의 fastq 마스킹을 시도하는 중에 문제가 발생했습니다. 첫 번째 모듈은 + 거리를 사용하여 줄을 잘라내고 순서 및 품질 줄 (각각 A, G, C, T 줄 및 유니 코드 점수)을 유지하면서 시퀀스 번호를 줄 번호 (>로 시작)에서 줄 번호로 수정합니다. . class Import_file(object):
def trim_f
문제점은 필자가 작성한 bash 스크립트에서 발생합니다. 나는 생물 정보학 사용을위한 정렬자인 STAR라는 도구를위한 입력 파일을 명시 할 필요가있다. 플래그 --readFilesIn이 있습니다. 필자의 경우이 파일은 쉼표로 구분 된 여러 파일 (fastq 파일)의 두 세트를 취하고 두 세트는 공백으로 구분합니다. fastq 파일의 각 세트는 숫자에 다른
큰 텍스트 파일을 구문 분석하는 인덱스를 생성하는 방법 : @120412_SN549_0058_BD0UMKACXX:5:1101:1156:2031#0/1
GCCAATGGCATGGTTTCATGGATGTTAGCAGAAGACATGAGACTTCTGGGACAGGAGCAAAACACTTCATGATGGCAAAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCN
+12041
#!/bin/bash
#script to loop through directories to merge fastq files
sourcedir=/path/to/source
destdir=/path/to/dest
for f in $sourcedir/*
do
zcat *R1*.fastq.gz | gzip > $destdir/R1.fastq
방금 명령 줄 사용법을 배우기 시작했습니다. 다행히도 이것은 덤프 문제가 아닙니다. 나는 내 디렉토리에 다음 파일이 있습니다 L001_R1_001.fastq
L002_R2_001.fastq
L004_R1_001.fastq
L005_R2_001.fastq
L001_R2_001.fastq
L003_R1_001.fastq
L004_R2_001.fa
현재 Perl에서 파일을 병합하는 데 문제가 있습니다. 두 개의 디렉토리/폴더가 있으며 이름과 확장명이 쌍을 이루고 있습니다. 예를 들어 폴더 1에는 1.fastq, 2.fastq, ...., 10.fastq 파일이 있습니다. 폴더 2에는 1.fastq, 2.fastq, ...., 10.fastq와 같은 파일 이름이 있지만 서로 다른 정보가 들어 있습니다.
지금은 생물 정보학에 사용되는 콘솔 응용 프로그램 모음에 대한 GUI로 작업 중이며 Qt를 사용하는 첫 번째 프로젝트로 첫 번째 테스트를 수행하고 있습니다. 나는 GUI를 만들기 위해 QtDesigner를 사용하고 있으며, QFileDialog가 QFileDialog 또는 변환인지 알 수는 없지만 QFileDialog가 파일 이름의 끝을 이상한 문자로 변환
한 번에 4 줄의 fastq 파일을 읽으려고합니다. 파일에는 여러 줄이 있습니다. 나는 내 코드에 넣어하지만,이 얻을 : Traceback (most recent call last): File "fastq.py", line 11, in line1 = fastq_file.readline() AttributeError: 'str' object has no at